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Denovo 2Gb sequenciamento do genoma inteiro em um pequeno sequenciador

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Quais são as limitações do uso de sequenciadores menores da Illumina (por exemplo, iSeq100, miniSeq) para fazer o sequenciamento de todo o genoma de novo em um organismo com um genoma maior (~ 2 Gb)?

Ingenuamente, parece que mesmo que eu seja capaz de fazer apenas 5 MB de sequenciamento por 24 horas rodando nesses sequenciadores, depois de cerca de dois anos executando a coisa continuamente, devo ser capaz de ter leituras suficientes para montar um de novo sequência do genoma de um eucarioto maior (questões de bioinformática a jusante à parte). No entanto, é claro que os sequenciadores nunca são comercializados dessa forma e estou lutando para entender o porquê.

Estou interessado em GWAS em vertebrados não-modelo, se isso importa. Esse período de tempo não parece louco, já que alguns experimentos de campo levam vários anos antes que algo seja publicado.


No entanto, é claro que os sequenciadores nunca são comercializados dessa forma e estou lutando para entender o porquê.

Você não vê porque dois anos de custos do reagente do instrumento para um único projeto pode ser considerado proibitivo?


Assista o vídeo: Plataformas de sequenciamento de DNA e aplicação no estudo de variantes de SAR-COV-2 (Outubro 2022).