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Em formação

Qual é o significado dos pontos e travessões no clustalw?

Qual é o significado dos pontos e travessões no clustalw?


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Estou convertendo saídas no formato de Estocolmo para clustalw usando

Bio :: AlignIO-> new (-file => "$ ARGV [0]", -format => "estocolmo"); e Bio :: AlignIO -> new (-format => 'clustalw');

Eu também estou usando

my $ new = $ aln-> remove_columns (['all_gaps_columns'], '.');

e obteve uma saída como

head1 ----------------. GG -.- gggaguggugugguuacgaaugUGGCCUCUGC ----- A head2 GGGGGUGUAGCUCAGU.GGU.A… GAGCGGAUGCUUUGCA

Qual é o significado de pontos e travessões? Isso é natural em uma saída de clustalw? Estou pegando um bug?

Não consegui encontrar as sequências que usei na mensagem original, mas essas duas apresentam um padrão semelhante. Estas são sequências de RNA, incluindo pseudogenes, portanto, existem muitas sequências palindrômicas.

# ESTOCOLMO 1.0 # = GF AU Infernal 1.1.1 head1 -------- UGGAGAAU.G --.- ugggcguc.gaucccacUUCCUCUCGCAUGCUAA… GCGAGC-gcucuaccacuugagcuaauucccc-… -------------… # = GR head1 PP… 89999988.4… 6789 ****. ******** 999 **************… ******. 7999999866665555555554444… head2 - ------ UGGAGAAU. --- .- gcgggcaucgaucccgcUUCCUCUCGCAUGCUAA… GCGAGCG… -… ------------- cucuaccauu… # = GR head2 PP… 89999887… 46789 ******* ***** 9999 *************… ***** 86… 4555666666… CLUSTAL W (1,81) cabeçote de alinhamento de sequência múltipla1 -------- UGGAGAAU.G- -.- ugggcguc.gaucccacUUCCUCUCGCAUGCUAA… head2 -------- UGGAGAAU. --- .- gcgggcaucgaucccgcUUCCUCUCGCAUGCUAA…

Como WYSIWYG menciona nos comentários, geralmente traços significam que há lacunas no alinhamento como resultado de um evento indel. Os pontos são usados ​​para mostrar mutações pontuais especificamente onde as propriedades bioquímicas são principalmente conservadas, mas o resíduo mudou.


Da pergunta original, não é relevante para a pergunta tal como está.

Você está certo em que este não é um alinhamento adequado, no entanto, não tenho certeza se é um bug. O que você tem parece ser o alinhamento de uma sequência de nucleotídeos que deu terrivelmente, terrivelmente errada.

Como um primeiro palpite, sem mais detalhes, eu diria que não parece que você instalou o clustalw corretamente ou apontou seu bioperl para ele. A partir da documentação, aqui estão os problemas comuns:

  1. Certifique-se de que o executável clustalw esteja em seu caminho para que esse clustalw retorne um executável clustalw em seu sistema.

  2. Defina uma variável de ambiente CLUSTALDIR que é um diretório que contém o aplicativo 'clustalw': Em bash:

    export CLUSTALDIR = / home / username / clustalw1.8

    Em csh / tcsh:

    setenv CLUSTALDIR /home/username/clustalw1.8

  3. Inclua uma definição de uma variável de ambiente CLUSTALDIR em cada script que usará este módulo de wrapper Clustalw, por exemplo:

    BEGIN {$ ENV {CLUSTALDIR} = '/home/username/clustalw1.8/'} use Bio :: Tools :: Run :: Alignment :: Clustalw;

A menos que você esteja fazendo grandes quantidades de alinhamento de sequência, o servidor web clustalW2 é mais rápido, mais sensível e muito mais fácil de usar.


Com base na edição que você fez em sua operação, os pontos estão presentes em seu alinhamento inicial de estocolmo e estão simplesmente sendo copiados para a nova saída clustal.

Para começar, qual é a fonte do seu alinhamento? Presumo que você esteja selecionando linhas individuais de um alinhamento maior, dada a distribuição ímpar de lacunas. Isso pode lhe dar uma pista sobre o significado real dos pontos (os traços são quase sempre lacunas).

Além disso, só por sinal, se você quiser uma ferramenta de linha de comando para fazer a conversão para você, tenho um módulo python3 chamado SeqBuddy que funcionará muito bem. No entanto, você precisará do BioPython como uma dependência.

$: python3 SeqBuddy.py input.stockholm -sf clustal> output.clustal

Definição e Exemplo de Estrutura de Lewis

Todd Helmenstine / sciencenotes.org / Domínio Público

  • Química
    • Leis Químicas
    • Fundamentos
    • Moléculas
    • Tabela periódica
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    • Abreviações e acrônimos
    • Ph.D., Ciências Biomédicas, Universidade do Tennessee em Knoxville
    • B.A., Física e Matemática, Hastings College

    As estruturas de Lewis têm vários nomes, incluindo estruturas de pontos de elétrons de Lewis, diagramas de pontos de Lewis e estruturas de pontos de elétrons. Todos esses nomes referem-se ao mesmo tipo de diagrama, que tem como objetivo mostrar as localizações de ligações e pares de elétrons.

    Principais vantagens: Estrutura de Lewis

    • Uma estrutura de Lewis é um diagrama que mostra as ligações covalentes e os pares de elétrons isolados em uma molécula.
    • As estruturas de Lewis são baseadas na regra do octeto.
    • Embora as estruturas de Lewis sejam úteis para descrever ligações químicas, elas são limitadas por não serem responsáveis ​​pela aromaticidade, nem por descreverem com precisão o comportamento magnético.

    Por que vemos os traços como uma linha?

    Proximidade e semelhança. O fato de percebermos uma série de traços ou pontos como uma linha contínua é notável por si só. Os psicólogos da Gestalt identificaram alguns princípios de organização perceptual para explicar isso. Eles disseram que quando os elementos visuais são colocados próximos uns dos outros, assim como as marcas individuais em uma linha tracejada, os percebemos como um grupo. O mesmo se aplica a elementos de tamanho e forma semelhantes.

    Boa continuidade. A regra de percepção de boa continuidade também pode contribuir para nossa percepção de traços e pontos próximos como uma linha. Afirma que temos uma tendência inata de perceber uma linha continuando em sua direção estabelecida.

    It & # 8217s Preattentive. Essa organização perceptiva ocorre antes de nossa percepção consciente, em um momento da visão inicial conhecido como processamento pré-atencioso. O processamento pré-atento nos dá uma pista do que está acontecendo e do que é importante antes da percepção consciente, acelerando a compreensão de uma mensagem visual.


    Conteúdo

    Existem várias maneiras de fabricar pontos quânticos. Os métodos possíveis incluem síntese coloidal, automontagem e portas elétricas.

    Síntese coloidal Editar

    Os nanocristais semicondutores coloidais são sintetizados a partir de soluções, muito parecido com os processos químicos tradicionais. A principal diferença é que o produto não precipita como um sólido a granel nem permanece dissolvido. [5] Aquecendo a solução em alta temperatura, os precursores se decompõem formando monômeros que então nuclea e geram nanocristais. A temperatura é um fator crítico na determinação das condições ideais para o crescimento do nanocristal. Deve ser alto o suficiente para permitir o rearranjo e o recozimento dos átomos durante o processo de síntese, ao mesmo tempo que deve ser baixo o suficiente para promover o crescimento do cristal. A concentração de monômeros é outro fator crítico que deve ser rigorosamente controlado durante o crescimento dos nanocristais. O processo de crescimento dos nanocristais pode ocorrer em dois regimes diferentes, "focalizando" e "desfocando". Em altas concentrações de monômero, o tamanho crítico (o tamanho em que os nanocristais não crescem nem encolhem) é relativamente pequeno, resultando no crescimento de quase todas as partículas. Neste regime, as partículas menores crescem mais rápido do que as grandes (uma vez que os cristais maiores precisam de mais átomos para crescer do que os cristais pequenos), resultando na distribuição de tamanho concentrando, produzindo uma distribuição improvável de partículas quase monodispersas. A focalização do tamanho é ideal quando a concentração de monômero é mantida de modo que o tamanho médio do nanocristal presente seja sempre ligeiramente maior do que o tamanho crítico. Com o tempo, a concentração de monômero diminui, o tamanho crítico se torna maior do que o tamanho médio presente e a distribuição desfocar.

    Existem métodos coloidais para produzir muitos semicondutores diferentes. Os pontos típicos são feitos de compostos binários, como sulfeto de chumbo, seleneto de chumbo, seleneto de cádmio, sulfeto de cádmio, telureto de cádmio, arseneto de índio e fosfeto de índio. Os pontos também podem ser feitos de compostos ternários, como o sulfeto de seleneto de cádmio. Além disso, avanços recentes foram feitos que permitem a síntese de pontos quânticos de perovskita coloidal. [20] Esses pontos quânticos podem conter apenas 100 a 100.000 átomos dentro do volume de pontos quânticos, com um diâmetro de ≈10 a 50 átomos. Isso corresponde a cerca de 2 a 10 nanômetros e, a 10 nm de diâmetro, quase 3 milhões de pontos quânticos poderiam ser alinhados ponta a ponta e caber na largura de um polegar humano.

    Grandes lotes de pontos quânticos podem ser sintetizados por meio de síntese coloidal. Devido a essa escalabilidade e à conveniência das condições de bancada, os métodos sintéticos coloidais são promissores para aplicações comerciais.

    Edição de síntese de plasma

    A síntese de plasma evoluiu para ser uma das abordagens de fase gasosa mais populares para a produção de pontos quânticos, especialmente aqueles com ligações covalentes. [21] [22] [23] Por exemplo, pontos quânticos de silício (Si) e germânio (Ge) foram sintetizados usando plasma não-térmico. O tamanho, a forma, a superfície e a composição dos pontos quânticos podem ser controlados no plasma não-térmico. [24] [25] O doping que parece bastante desafiador para pontos quânticos também foi realizado na síntese de plasma. [26] [27] [28] Os pontos quânticos sintetizados pelo plasma são geralmente na forma de pó, para o qual a modificação da superfície pode ser realizada. Isso pode levar a uma excelente dispersão de pontos quânticos em solventes orgânicos [29] ou água [30] (isto é, pontos quânticos coloidais).

    Edição de Fabricação

    • Os pontos quânticos automontados têm tipicamente entre 5 e 50 nm de tamanho. Os pontos quânticos definidos por eletrodos de porta com padrão litográfico ou por corrosão em gases de elétrons bidimensionais em heteroestruturas semicondutoras podem ter dimensões laterais entre 20 e 100 nm.
    • Alguns pontos quânticos são pequenas regiões de um material enterrado em outro com um gap maior. Estas podem ser as chamadas estruturas núcleo-casca, por exemplo, com CdSe no núcleo e ZnS na casca, ou de formas especiais de sílica chamadas ormosil. Cascas de sub-monocamada também podem ser maneiras eficazes de passivar os pontos quânticos, como núcleos de PbS com cascas de CdS de sub-monocamada. [31]
    • Os pontos quânticos às vezes ocorrem espontaneamente em estruturas de poços quânticos devido a flutuações de monocamada na espessura do poço.
    • Os pontos quânticos automontados nuclearam-se espontaneamente sob certas condições durante a epitaxia de feixe molecular (MBE) e epitaxia de fase de vapor metalorgânica (MOVPE), quando um material é cultivado em um substrato ao qual não é compatível com a rede. A deformação resultante leva à formação de ilhas no topo de uma camada de umedecimento bidimensional. Este modo de crescimento é conhecido como crescimento de Stranski – Krastanov. [32] As ilhas podem ser posteriormente enterradas para formar o ponto quântico. Um tipo amplamente usado de pontos quânticos cultivados com este método são os pontos quânticos de arsenieto de gálio e índio (InGaAs) em arsenieto de gálio (GaAs). [33] Esses pontos quânticos têm potencial para aplicações em criptografia quântica (ou seja, fontes de fóton único) e computação quântica. As principais limitações deste método são o custo de fabricação e a falta de controle sobre o posicionamento de pontos individuais.
    • Pontos quânticos individuais podem ser criados a partir de elétrons bidimensionais ou gases de buraco presentes em poços quânticos dopados remotamente ou heteroestruturas semicondutoras chamadas pontos quânticos laterais. A superfície da amostra é revestida com uma fina camada de resina. Um padrão lateral é então definido na resistência por litografia de feixe de elétrons. Este padrão pode então ser transferido para o elétron ou gás de buraco por corrosão, ou por depósito de eletrodos de metal (processo de decolagem) que permite a aplicação de tensões externas entre o gás de elétron e os eletrodos. Esses pontos quânticos são principalmente de interesse para experimentos e aplicações envolvendo transporte de elétrons ou lacunas, ou seja, uma corrente elétrica.
    • O espectro de energia de um ponto quântico pode ser projetado controlando o tamanho geométrico, a forma e a força do potencial de confinamento. Além disso, ao contrário dos átomos, é relativamente fácil conectar pontos quânticos por barreiras de túnel a condutores condutores, o que permite a aplicação de técnicas de espectroscopia de tunelamento para sua investigação.

    Os recursos de absorção de pontos quânticos correspondem às transições entre os estados de partículas discretas e tridimensionais em uma caixa do elétron e do buraco, ambos confinados na mesma caixa de tamanho nanométrico. Essas transições discretas são uma reminiscência de espectros atômicos e resultaram em pontos quânticos também sendo chamados de átomos artificiais. [34]

    • O confinamento em pontos quânticos também pode surgir de potenciais eletrostáticos (gerados por eletrodos externos, dopagem, deformação ou impurezas). a tecnologia pode ser empregada para fabricar pontos quânticos de silício. Transistores CMOS ultrapequenos (L = 20 nm, W = 20 nm) se comportam como pontos quânticos de um único elétron quando operados em temperatura criogênica em uma faixa de −269 ° C (4 K) a cerca de −258 ° C (15 K). O transistor exibe o bloqueio de Coulomb devido ao carregamento progressivo dos elétrons (lacunas) um a um. O número de elétrons (lacunas) confinados no canal é impulsionado pela tensão do portão, a partir de uma ocupação de zero elétrons (lacunas), e pode ser definido como 1 ou muitos. [35]

    Edição de montagem viral

    Os vírus bacteriófagos M13 geneticamente modificados permitem a preparação de estruturas de biocompósitos de pontos quânticos. [36] Já havia sido demonstrado que os vírus geneticamente modificados podem reconhecer superfícies semicondutoras específicas por meio do método de seleção por exibição combinatória de fago. [37] Além disso, sabe-se que as estruturas cristalinas líquidas dos vírus do tipo selvagem (Fd, M13 e TMV) são ajustáveis ​​controlando as concentrações da solução, a força iônica da solução e o campo magnético externo aplicado às soluções. Consequentemente, as propriedades de reconhecimento específicas do vírus podem ser usadas para organizar nanocristais inorgânicos, formando matrizes ordenadas ao longo da escala de comprimento definida pela formação de cristal líquido. Usando essas informações, Lee et al. (2000) foram capazes de criar filmes auto-montados, altamente orientados e autossustentáveis ​​a partir de uma solução de precursor de fago e ZnS. Esse sistema permitiu que eles variassem o comprimento do bacteriófago e o tipo de material inorgânico por meio de modificação e seleção genética.

    Edição de montagem eletroquímica

    Matrizes altamente ordenadas de pontos quânticos também podem ser automontadas por técnicas eletroquímicas. Um modelo é criado causando uma reação iônica em uma interface eletrólito-metal que resulta na montagem espontânea de nanoestruturas, incluindo pontos quânticos, no metal que é então usado como uma máscara para gravação em mesa dessas nanoestruturas em um substrato escolhido.

    Edição de manufatura a granel

    A fabricação de pontos quânticos depende de um processo chamado injeção dupla de alta temperatura que foi dimensionado por várias empresas para aplicações comerciais que requerem grandes quantidades (centenas de quilogramas a toneladas) de pontos quânticos. Este método de produção reproduzível pode ser aplicado a uma ampla gama de tamanhos e composições de pontos quânticos.

    A ligação em certos pontos quânticos livres de cádmio, como pontos quânticos baseados em III-V, é mais covalente do que em materiais II-VI, portanto, é mais difícil separar a nucleação e o crescimento das nanopartículas por meio de uma síntese de injeção dupla de alta temperatura. Um método alternativo de síntese de pontos quânticos, o semeadura molecular processo, fornece uma rota reproduzível para a produção de pontos quânticos de alta qualidade em grandes volumes. O processo utiliza moléculas idênticas de um composto de cluster molecular como locais de nucleação para o crescimento de nanopartículas, evitando assim a necessidade de uma etapa de injeção em alta temperatura. O crescimento das partículas é mantido pela adição periódica de precursores a temperaturas moderadas até que o tamanho de partícula desejado seja alcançado. [38] O processo de semeadura molecular não se limita à produção de pontos quânticos sem cádmio, por exemplo, o processo pode ser usado para sintetizar lotes de quilogramas de pontos quânticos II-VI de alta qualidade em apenas algumas horas.

    Outra abordagem para a produção em massa de pontos quânticos coloidais pode ser vista na transferência da conhecida metodologia de injeção a quente para a síntese para um sistema técnico de fluxo contínuo. As variações lote a lote decorrentes das necessidades durante a metodologia mencionada podem ser superadas utilizando componentes técnicos para mistura e crescimento, bem como ajustes de transporte e temperatura. Para a produção de nanopartículas semicondutoras baseadas em CdSe, este método foi investigado e ajustado para quantidades de produção de kg por mês. Visto que o uso de componentes técnicos permite uma troca fácil em relação ao rendimento e tamanho máximos, ele pode ser aumentado para dezenas ou até centenas de quilogramas. [39]

    Em 2011, um consórcio de empresas americanas e holandesas relatou um marco na fabricação de pontos quânticos de alto volume, aplicando o método tradicional de injeção dupla de alta temperatura a um sistema de fluxo. [40]

    Em 23 de janeiro de 2013, a Dow celebrou um contrato de licenciamento exclusivo com a Nanoco, do Reino Unido, para o uso de seu método de semeadura molecular de baixa temperatura para a fabricação em massa de pontos quânticos sem cádmio para telas eletrônicas e, em 24 de setembro de 2014, a Dow iniciou o trabalho nas instalações de produção na Coréia do Sul, capazes de produzir pontos quânticos suficientes para "milhões de televisores sem cádmio e outros dispositivos, como tablets". A produção em massa deve começar em meados de 2015. [41] Em 24 de março de 2015, a Dow anunciou um acordo de parceria com a LG Electronics para desenvolver o uso de pontos quânticos sem cádmio em monitores. [42]

    Pontos quânticos livres de metal pesado Editar

    Em muitas regiões do mundo existe agora uma restrição ou proibição do uso de metais pesados ​​em muitos produtos domésticos, o que significa que a maioria dos pontos quânticos baseados em cádmio são inutilizáveis ​​para aplicações em bens de consumo.

    Para viabilidade comercial, uma gama de pontos quânticos livres de metais pesados ​​restritos foi desenvolvida mostrando emissões brilhantes na região visível e infravermelho próximo do espectro e têm propriedades ópticas semelhantes às dos pontos quânticos CdSe. Entre esses materiais estão InP / ZnS, CuInS / ZnS, Si, Ge e C.

    Os peptídeos estão sendo pesquisados ​​como potenciais materiais de pontos quânticos. [43]

    Alguns pontos quânticos representam riscos à saúde humana e ao meio ambiente sob certas condições. [44] [45] [46] Notavelmente, os estudos sobre toxicidade de pontos quânticos enfocaram partículas contendo cádmio e ainda não foram demonstrados em modelos animais após a dosagem fisiologicamente relevante. [46] Estudos in vitro, com base em culturas de células, em toxicidade de pontos quânticos (QD) sugerem que sua toxicidade pode derivar de vários fatores, incluindo suas características físico-químicas (tamanho, forma, composição, grupos funcionais de superfície e cargas de superfície) e seu ambiente . A avaliação de sua toxicidade potencial é complexa, pois esses fatores incluem propriedades como tamanho QD, carga, concentração, composição química, ligantes de cobertura e também sobre sua estabilidade oxidativa, mecânica e fotolítica. [44]

    Muitos estudos se concentraram no mecanismo de citotoxicidade QD usando culturas de células modelo. Foi demonstrado que após a exposição à radiação ultravioleta ou oxidação pelo ar, os CdSe QDs liberam íons de cádmio livres, causando a morte celular. [47] Grupo II-VI QDs também foram relatados para induzir a formação de espécies reativas de oxigênio após a exposição à luz, que por sua vez pode danificar componentes celulares, como proteínas, lipídios e DNA. [48] ​​Alguns estudos também demonstraram que a adição de uma camada de ZnS inibe o processo de espécies reativas de oxigênio em CdSe QDs. Outro aspecto da toxicidade QD é que existem, in vivo, vias intracelulares dependentes do tamanho que concentram essas partículas em organelas celulares que são inacessíveis por íons metálicos, o que pode resultar em padrões únicos de citotoxicidade em comparação com seus íons metálicos constituintes. [49] Os relatos de localização de QD no núcleo da célula [50] apresentam modos adicionais de toxicidade porque podem induzir mutação no DNA, que por sua vez se propagará através da geração futura de células, causando doenças.

    Embora a concentração de QDs em certas organelas tenha sido relatada em estudos in vivo usando modelos animais, nenhuma alteração no comportamento animal, peso, marcadores hematológicos ou danos a órgãos foram encontrados por meio de análises histológicas ou bioquímicas. [51] Essas descobertas levaram os cientistas a acreditar que a dose intracelular é o fator determinante mais importante para a toxicidade QD. Portanto, os fatores que determinam a endocitose QD que determinam a concentração intracelular eficaz, como tamanho QD, forma e química de superfície determinam sua toxicidade. A excreção de QDs através da urina em modelos animais também demonstrou por meio da injeção de QDs de CdSe capados com ZnS marcados com rádio, onde a concha do ligante foi marcada com 99m Tc. [52] Embora vários outros estudos tenham concluído a retenção de QDs em níveis celulares, [46] [53] a exocitose de QDs ainda é pouco estudada na literatura.

    Embora esforços de pesquisa significativos tenham ampliado a compreensão da toxicidade dos QDs, existem grandes discrepâncias na literatura e ainda há questões a serem respondidas. A diversidade dessa classe de material em comparação com as substâncias químicas normais torna a avaliação de sua toxicidade muito desafiadora. Como sua toxicidade também pode ser dinâmica, dependendo de fatores ambientais, como nível de pH, exposição à luz e tipo de célula, métodos tradicionais de avaliação da toxicidade de produtos químicos como LD50 não são aplicáveis ​​para QDs. Portanto, os pesquisadores estão se concentrando na introdução de novas abordagens e na adaptação de métodos existentes para incluir esta classe única de materiais. [46] Além disso, novas estratégias para projetar QDs mais seguras ainda estão em exploração pela comunidade científica. Uma novidade recente na área é a descoberta de pontos quânticos de carbono, uma nova geração de nanopartículas opticamente ativas potencialmente capazes de substituir QDs de semicondutores, mas com a vantagem de toxicidade muito menor.

    Em semicondutores, a absorção de luz geralmente leva a um elétron sendo excitado da valência para a banda de condução, deixando para trás um buraco. O elétron e o buraco podem se ligar um ao outro para formar um exciton. Quando este exciton se recombina (ou seja, o elétron retoma seu estado fundamental), a energia do exciton pode ser emitida como luz. Isso é chamado de fluorescência. Em um modelo simplificado, a energia do fóton emitido pode ser entendida como a soma da energia do band gap entre o nível mais alto ocupado e o nível mais baixo de energia desocupada, as energias de confinamento do buraco e do elétron excitado e a energia ligada de o exciton (o par elétron-buraco):

    Como a energia de confinamento depende do tamanho do ponto quântico, o início da absorção e a emissão de fluorescência podem ser ajustados alterando o tamanho do ponto quântico durante sua síntese. Quanto maior o ponto, mais vermelho (energia mais baixa) é o início de absorção e o espectro de fluorescência. Por outro lado, pontos menores absorvem e emitem luz mais azul (energia mais alta). Artigos recentes em Nanotecnologia e em outras revistas começaram a sugerir que a forma do ponto quântico pode ser um fator na coloração também, mas ainda não há informações suficientes disponíveis. Além disso, foi mostrado [54] que o tempo de vida da fluorescência é determinado pelo tamanho do ponto quântico. Os pontos maiores têm níveis de energia mais próximos, nos quais o par elétron-buraco pode ser aprisionado. Portanto, os pares elétron-buraco em pontos maiores vivem mais, fazendo com que os pontos maiores apresentem uma vida útil mais longa.

    Para melhorar o rendimento quântico de fluorescência, os pontos quânticos podem ser feitos com cartuchos de um material semicondutor bandgap maior em torno deles. Sugere-se que a melhora seja devido ao acesso reduzido do elétron e do buraco às vias de recombinação da superfície não radiativa em alguns casos, mas também devido à recombinação Auger reduzida em outros.

    Os pontos quânticos são particularmente promissores para aplicações ópticas devido ao seu alto coeficiente de extinção. [55] Eles operam como um transistor de elétron único e mostram o efeito de bloqueio de Coulomb. Pontos quânticos também foram sugeridos como implementações de qubits para processamento de informação quântica, [56] e como elementos ativos para termoelétricas. [57] [58] [59]

    Ajustar o tamanho dos pontos quânticos é atraente para muitas aplicações potenciais. Por exemplo, pontos quânticos maiores têm uma mudança de espectro maior em direção ao vermelho em comparação com pontos menores e exibem propriedades quânticas menos pronunciadas. Por outro lado, as partículas menores permitem tirar vantagem de efeitos quânticos mais sutis.

    Sendo de dimensão zero, os pontos quânticos têm uma densidade de estados mais nítida do que as estruturas de dimensões superiores. Como resultado, eles têm transporte superior e propriedades ópticas. Eles têm usos potenciais em lasers de diodo, amplificadores e sensores biológicos. Os pontos quânticos podem ser excitados dentro de um campo eletromagnético localmente aprimorado produzido por nanopartículas de ouro, que podem então ser observados a partir da ressonância plasmônica de superfície no espectro de excitação fotoluminescente de nanocristais de (CdSe) ZnS. Os pontos quânticos de alta qualidade são adequados para codificação óptica e aplicações de multiplexação devido aos seus amplos perfis de excitação e espectros de emissão estreitos / simétricos. As novas gerações de pontos quânticos têm um potencial de longo alcance para o estudo de processos intracelulares no nível de uma única molécula, imagem celular de alta resolução, observação in vivo de longo prazo do tráfego de células, direcionamento de tumores e diagnósticos.

    Os nanocristais de CdSe são fotossensibilizadores tripletos eficientes. [61] A excitação a laser de pequenas nanopartículas de CdSe permite a extração da energia do estado excitado dos pontos quânticos em solução em massa, abrindo assim a porta para uma ampla gama de aplicações potenciais, como terapia fotodinâmica, dispositivos fotovoltaicos, eletrônica molecular e catálise.

    Edição de manutenção de registros subcutâneos

    Em dezembro de 2019, Robert S. Langer e sua equipe desenvolveram e patentearam uma técnica por meio da qual adesivos transdérmicos podiam ser usados ​​para rotular pessoas com tinta invisível, a fim de armazenar informações médicas e outras informações por via subcutânea. Isso foi apresentado como uma bênção para as "nações em desenvolvimento", onde a falta de infraestrutura significa ausência de registros médicos. [62] [63] A tecnologia, que é atribuída ao Instituto de Tecnologia de Massachusetts, [63] usa um "corante de ponto quântico que é fornecido, neste caso junto com uma vacina, por um adesivo de microagulha." A pesquisa "foi financiada pela Fundação Bill e Melinda Gates e pelo Instituto Koch para Pesquisa Integrativa do Câncer". [62]

    Biologia Editar

    Na análise biológica moderna, vários tipos de corantes orgânicos são usados. No entanto, com o avanço da tecnologia, busca-se maior flexibilidade nesses corantes. [64] Para este fim, os pontos quânticos rapidamente preencheram o papel, sendo considerados superiores aos corantes orgânicos tradicionais em vários aspectos, um dos mais imediatamente óbvios sendo o brilho (devido ao alto coeficiente de extinção combinado com um rendimento quântico comparável para corantes fluorescentes [13]), bem como sua estabilidade (permitindo muito menos fotobranqueamento). [65] Foi estimado que os pontos quânticos são 20 vezes mais brilhantes e 100 vezes mais estáveis ​​do que os repórteres fluorescentes tradicionais. [64] Para rastreamento de partícula única, o piscar irregular dos pontos quânticos é uma pequena desvantagem. No entanto, houve grupos que desenvolveram pontos quânticos que são essencialmente não piscantes e demonstraram sua utilidade em experimentos de rastreamento de molécula única. [66] [67]

    O uso de pontos quânticos para imagens de células altamente sensíveis tem visto grandes avanços. [68] A fotoestabilidade aprimorada de pontos quânticos, por exemplo, permite a aquisição de muitas imagens consecutivas do plano focal que podem ser reconstruídas em uma imagem tridimensional de alta resolução. [69] Outra aplicação que tira proveito da extraordinária fotoestabilidade das sondas quânticas é o rastreamento em tempo real de moléculas e células por longos períodos de tempo. [70] Anticorpos, estreptavidina, [71] peptídeos, [72] DNA, [73] aptâmeros de ácido nucleico, [74] ou ligantes de moléculas pequenas [75] podem ser usados ​​para direcionar pontos quânticos para proteínas específicas nas células. Os pesquisadores foram capazes de observar pontos quânticos em nódulos linfáticos de camundongos por mais de 4 meses. [76]

    Os pontos quânticos podem ter propriedades antibacterianas semelhantes às nanopartículas e podem matar bactérias de uma maneira dependente da dose. [77] Um mecanismo pelo qual os pontos quânticos podem matar bactérias é prejudicar as funções do sistema antioxidante nas células e diminuir a regulação dos genes antioxidantes. Além disso, os pontos quânticos podem danificar diretamente a parede celular. Os pontos quânticos demonstraram ser eficazes contra bactérias gram-positivas e gram-negativas. [78]

    Pontos quânticos semicondutores também têm sido empregados para imagens in vitro de células pré-marcadas. Espera-se que a capacidade de gerar imagens da migração de uma única célula em tempo real seja importante para várias áreas de pesquisa, como embriogênese, metástase de câncer, terapêutica com células-tronco e imunologia de linfócitos.

    Uma aplicação de pontos quânticos em biologia é como fluoróforos doadores na transferência de energia de ressonância de Förster, onde o grande coeficiente de extinção e pureza espectral desses fluoróforos os tornam superiores aos fluoróforos moleculares [79]. Também é importante notar que a ampla absorvância de QDs permite excitação do doador QD e uma excitação mínima de um aceitador de corante em estudos baseados em FRET. [80] A aplicabilidade do modelo FRET, que assume que o Quantum Dot pode ser aproximado como um dipolo pontual, foi recentemente demonstrada [81]

    O uso de pontos quânticos para direcionamento de tumor em condições in vivo emprega dois esquemas de direcionamento: direcionamento ativo e direcionamento passivo. No caso de direcionamento ativo, os pontos quânticos são funcionalizados com locais de ligação específicos do tumor para se ligarem seletivamente às células tumorais. O direcionamento passivo usa a permeação e retenção aprimoradas de células tumorais para a entrega de sondas de pontos quânticos. As células tumorais de crescimento rápido normalmente têm membranas mais permeáveis ​​do que as células saudáveis, permitindo o vazamento de pequenas nanopartículas para o corpo celular. Além disso, as células tumorais carecem de um sistema de drenagem linfático eficaz, o que leva ao subsequente acúmulo de nanopartículas.

    As sondas de pontos quânticos exibem toxicidade in vivo. Por exemplo, os nanocristais de CdSe são altamente tóxicos para células cultivadas sob iluminação UV, porque as partículas se dissolvem, em um processo conhecido como fotólise, para liberar íons de cádmio tóxicos no meio de cultura. Na ausência de irradiação UV, no entanto, os pontos quânticos com um revestimento de polímero estável foram considerados essencialmente não tóxicos. [76] [45] O encapsulamento de hidrogel de pontos quânticos permite que os pontos quânticos sejam introduzidos em uma solução aquosa estável, reduzindo a possibilidade de vazamento de cádmio. Então, novamente, pouco se sabe sobre o processo de excreção de pontos quânticos de organismos vivos. [82]

    Em outra aplicação potencial, os pontos quânticos estão sendo investigados como o fluoróforo inorgânico para a detecção intra-operatória de tumores usando espectroscopia de fluorescência.

    A entrega de pontos quânticos não danificados ao citoplasma da célula tem sido um desafio com as técnicas existentes. Os métodos baseados em vetores resultaram na agregação e sequestro endossomal de pontos quânticos, enquanto a eletroporação pode danificar as partículas semicondutoras e agregados entregues aos pontos no citosol. Via cell squeezing, quantum dots can be efficiently delivered without inducing aggregation, trapping material in endosomes, or significant loss of cell viability. Moreover, it has shown that individual quantum dots delivered by this approach are detectable in the cell cytosol, thus illustrating the potential of this technique for single molecule tracking studies. [83]

    Photovoltaic devices Edit

    The tunable absorption spectrum and high extinction coefficients of quantum dots make them attractive for light harvesting technologies such as photovoltaics. Quantum dots may be able to increase the efficiency and reduce the cost of today's typical silicon photovoltaic cells. According to an experimental report from 2004, [84] quantum dots of lead selenide can produce more than one exciton from one high energy photon via the process of carrier multiplication or multiple exciton generation (MEG). This compares favorably to today's photovoltaic cells which can only manage one exciton per high-energy photon, with high kinetic energy carriers losing their energy as heat. Quantum dot photovoltaics would theoretically be cheaper to manufacture, as they can be made using simple chemical reactions.

    Quantum dot only solar cells Edit

    Aromatic self-assembled monolayers (SAMs) (e.g. 4-nitrobenzoic acid) can be used to improve the band alignment at electrodes for better efficiencies. This technique has provided a record power conversion efficiency (PCE) of 10.7%. [85] The SAM is positioned between ZnO-PbS colloidal quantum dot (CQD) film junction to modify band alignment via the dipole moment of the constituent SAM molecule, and the band tuning may be modified via the density, dipole and the orientation of the SAM molecule. [85]

    Quantum dot in hybrid solar cells Edit

    Colloidal quantum dots are also used in inorganic/organic hybrid solar cells. These solar cells are attractive because of the potential for low-cost fabrication and relatively high efficiency. [86] Incorporation of metal oxides, such as ZnO, TiO2, and Nb2O5 nanomaterials into organic photovoltaics have been commercialized using full roll-to-roll processing. [86] A 13.2% power conversion efficiency is claimed in Si nanowire/PEDOT:PSS hybrid solar cells. [87]

    Quantum dot with nanowire in solar cells Edit

    Another potential use involves capped single-crystal ZnO nanowires with CdSe quantum dots, immersed in mercaptopropionic acid as hole transport medium in order to obtain a QD-sensitized solar cell. The morphology of the nanowires allowed the electrons to have a direct pathway to the photoanode. This form of solar cell exhibits 50–60% internal quantum efficiencies. [88]

    Nanowires with quantum dot coatings on silicon nanowires (SiNW) and carbon quantum dots. The use of SiNWs instead of planar silicon enhances the antiflection properties of Si. [89] The SiNW exhibits a light-trapping effect due to light trapping in the SiNW. This use of SiNWs in conjunction with carbon quantum dots resulted in a solar cell that reached 9.10% PCE. [89]

    Graphene quantum dots have also been blended with organic electronic materials to improve efficiency and lower cost in photovoltaic devices and organic light emitting diodes (OLEDs) in compared to graphene sheets. These graphene quantum dots were functionalized with organic ligands that experience photoluminescence from UV-Vis absorption. [90]

    Light emitting diodes Edit

    Several methods are proposed for using quantum dots to improve existing light-emitting diode (LED) design, including quantum dot light-emitting diode (QD-LED or QLED) displays, and quantum dot white-light-emitting diode (QD-WLED) displays. Because quantum dots naturally produce monochromatic light, they can be more efficient than light sources which must be color filtered. QD-LEDs can be fabricated on a silicon substrate, which allows them to be integrated onto standard silicon-based integrated circuits or microelectromechanical systems. [91]

    Quantum dot displays Edit

    Quantum dots are valued for displays because they emit light in very specific gaussian distributions. This can result in a display with visibly more accurate colors.

    A conventional color liquid crystal display (LCD) is usually backlit by fluorescent lamps (CCFLs) or conventional white LEDs that are color filtered to produce red, green, and blue pixels. Quantum dot displays use blue-emitting LEDs rather than white LEDs as the light sources. The converting part of the emitted light is converted into pure green and red light by the corresponding color quantum dots placed in front of the blue LED or using a quantum dot infused diffuser sheet in the backlight optical stack. Blank pixels are also used to allow the blue LED light to still generate blue hues. This type of white light as the backlight of an LCD panel allows for the best color gamut at lower cost than an RGB LED combination using three LEDs. [92]

    Another method by which quantum dot displays can be achieved is the electroluminescent (EL) or electro-emissive method. This involves embedding quantum dots in each individual pixel. These are then activated and controlled via an electric current application. [93] Since this is often light emitting itself, the achievable colors may be limited in this method. [94] Electro-emissive QD-LED TVs exist in laboratories only.

    The ability of QDs to precisely convert and tune a spectrum makes them attractive for LCD displays. Previous LCD displays can waste energy converting red-green poor, blue-yellow rich white light into a more balanced lighting. By using QDs, only the necessary colors for ideal images are contained in the screen. The result is a screen that is brighter, clearer, and more energy-efficient. The first commercial application of quantum dots was the Sony XBR X900A series of flat panel televisions released in 2013. [95]

    In June 2006, QD Vision announced technical success in making a proof-of-concept quantum dot display and show a bright emission in the visible and near infrared region of the spectrum. A QD-LED integrated at a scanning microscopy tip was used to demonstrate fluorescence near-field scanning optical microscopy (NSOM) imaging. [96]

    Photodetector devices Edit

    Quantum dot photodetectors (QDPs) can be fabricated either via solution-processing, [97] or from conventional single-crystalline semiconductors. [98] Conventional single-crystalline semiconductor QDPs are precluded from integration with flexible organic electronics due to the incompatibility of their growth conditions with the process windows required by organic semiconductors. On the other hand, solution-processed QDPs can be readily integrated with an almost infinite variety of substrates, and also postprocessed atop other integrated circuits. Such colloidal QDPs have potential applications in visible- and infrared-light cameras, [99] machine vision, industrial inspection, spectroscopy, and fluorescent biomedical imaging.

    Photocatalysts Edit

    Quantum dots also function as photocatalysts for the light driven chemical conversion of water into hydrogen as a pathway to solar fuel. In photocatalysis, electron hole pairs formed in the dot under band gap excitation drive redox reactions in the surrounding liquid. Generally, the photocatalytic activity of the dots is related to the particle size and its degree of quantum confinement. [100] This is because the band gap determines the chemical energy that is stored in the dot in the excited state. An obstacle for the use of quantum dots in photocatalysis is the presence of surfactants on the surface of the dots. These surfactants (or ligands) interfere with the chemical reactivity of the dots by slowing down mass transfer and electron transfer processes. Also, quantum dots made of metal chalcogenides are chemically unstable under oxidizing conditions and undergo photo corrosion reactions.

    Quantum dots are theoretically described as a point like, or a zero dimensional (0D) entity. Most of their properties depend on the dimensions, shape and materials of which QDs are made. Generally QDs present different thermodynamic properties from the bulk materials of which they are made. One of these effects is the Melting-point depression. Optical properties of spherical metallic QDs are well described by the Mie scattering theory.

    In a semiconductor crystallite whose size is smaller than twice the size of its exciton Bohr radius, the excitons are squeezed, leading to quantum confinement. The energy levels can then be predicted using the particle in a box model in which the energies of states depend on the length of the box. Comparing the quantum dot's size to the Bohr radius of the electron and hole wave functions, 3 regimes can be defined. A 'strong confinement regime' is defined as the quantum dots radius being smaller than both electron and hole Bohr radius, 'weak confinement' is given when the quantum dot is larger than both. For semiconductors in which electron and hole radii are markedly different, an 'intermediate confinement regime' exists, where the quantum dot's radius is larger than the Bohr radius of one charge carrier (typically the hole), but not the other charge carrier. [101]

    Therefore, the sum of these energies can be represented as:

    Onde µ is the reduced mass, uma is the radius of the quantum dot, me is the free electron mass, mh is the hole mass, and εr is the size-dependent dielectric constant.

    Although the above equations were derived using simplifying assumptions, they imply that the electronic transitions of the quantum dots will depend on their size. These quantum confinement effects are apparent only below the critical size. Larger particles do not exhibit this effect. This effect of quantum confinement on the quantum dots has been repeatedly verified experimentally [103] and is a key feature of many emerging electronic structures. [104]

    The Coulomb interaction between confined carriers can also be studied by numerical means when results unconstrained by asymptotic approximations are pursued. [105]

    Besides confinement in all three dimensions (i.e., a quantum dot), other quantum confined semiconductors include:

      , which confine electrons or holes in two spatial dimensions and allow free propagation in the third. , which confine electrons or holes in one dimension and allow free propagation in two dimensions.

    Models Edit

    A variety of theoretical frameworks exist to model optical, electronic, and structural properties of quantum dots. These may be broadly divided into quantum mechanical, semiclassical, and classical.

    Quantum mechanics Edit

    Quantum mechanical models and simulations of quantum dots often involve the interaction of electrons with a pseudopotential or random matrix. [106]

    Semiclassical Edit

    Semiclassical models of quantum dots frequently incorporate a chemical potential. For example, the thermodynamic chemical potential of an N-particle system is given by

    whose energy terms may be obtained as solutions of the Schrödinger equation. The definition of capacitance,

    with the potential difference

    may be applied to a quantum dot with the addition or removal of individual electrons,

    é o quantum capacitance of a quantum dot, where we denoted by I(N) the ionization potential and by A(N) the electron affinity of the N-particle system. [107]

    Classical mechanics Edit

    Classical models of electrostatic properties of electrons in quantum dots are similar in nature to the Thomson problem of optimally distributing electrons on a unit sphere.

    The classical electrostatic treatment of electrons confined to spherical quantum dots is similar to their treatment in the Thomson, [108] or plum pudding model, of the atom. [109]

    The classical treatment of both two-dimensional and three-dimensional quantum dots exhibit electron shell-filling behavior. A "periodic table of classical artificial atoms" has been described for two-dimensional quantum dots. [110] As well, several connections have been reported between the three-dimensional Thomson problem and electron shell-filling patterns found in naturally-occurring atoms found throughout the periodic table. [111] This latter work originated in classical electrostatic modeling of electrons in a spherical quantum dot represented by an ideal dielectric sphere. [112]

    O termo quantum dot was coined in 1986. [113] They were first synthesized in a glass matrix by Alexey Ekimov in 1981 [114] [115] [116] [117] and in colloidal suspension [118] by Louis Brus in 1983. [119] [120] They were first theorized by Alexander Efros in 1982. [121]


    Punctuation: Not Separated at Birth: The Dash and the Hyphen (and Let's Add the Ellipsis for Fun)

    Punctuation

    The dash and the hyphen are like Arnold Schwarzenegger and Danny DeVito: confused so often they are taken for each other. But like these two fine actors, the dash and the hyphen are not the same, no sireee.

    • UMA hífen is one click on the keyboard: -
    • UMA traço is two clicks on the keyboard: ?
    • An ellipsis is three spaced periods: ?

    Therefore, the dash is twice as long as the hyphen. That's not all the dash and hyphen have totally different uses. Not to mention the ellipsis.

    The Dash: Long and Lean

    Basically, the dash is used to show emphasis. Here's how:

    • Use a dash to show a sudden change of thought.
    • Exemplo: An archaeologist?of course I don't mean you?is a person whose career lies in ruins.
    • Use a dash before a summary of what is stated in the sentence.
    • Exemplo: Avoiding work, getting liposuction, becoming a finalist in the George Hamilton Cocoa Butter Open?everything depends on that trust fund.

    The Hyphen: Short and Sweet

    The hyphen, in contrast, is used to show a break in words.

    • Use a hyphen to show a word break at the end of a line.
    • Exemplo: When you finish The Complete Idiot's Guide to Grammar and Style, Sec-
    • ond Edition, your written work will be as sharp as your appearance.
    Strictly Speaking

    You could make it through life fine and dandy without a dash, but you'd be the poorer for it. Like argyle socks, the dash shows flair and style. It creates rhythm and emphasis in your writing.

    • Use a hyphen in certain compound nouns.
    • Exemplo: great-grandmother
    • Use hyphens in fractions and in compound numbers from twenty-one to ninety-nine.
    • Exemplos: one-half, sixty-six

    The Ellipsis: Dot, Dot, Dot

    The ellipsis, in contrast, indicates a break in continuity.

    Danger, Will Robinson

    Don't use an ellipsis to show that words have been omitted from the beginning of a sentence. Just omit the words and keep right on going.


    Cal Newport

    The Fast and the Curious

    I’m currently taking a graduate seminar that assigns demanding articles of demanding length. Being somewhat busy, as I’ve mentioned before, I’ve recently been working to squeeze every last ounce of speed out of my note-taking habits. This has led me to a new note-taking approach I call the Morse Code Method. It’s engineered to be fast. Blazingly fast yet still be able to support the type of detailed comprehension needed to survive a three-hour, 10-person discussion-based seminar.

    Forget time for a moment. Your worst enemy when tackling a reading assignment is that weighty, sleep-inducing brain-drag that starts to grow over time, making concentration increasingly difficult. What brings this on? A big factor is halting your reading momentum. If you cease forward movement with your eyes so you can, for example, underline a few lines, or draw a bracket next to paragraph, or, dare I say it, highlight a sentence, it will require a large energy burst to get started once again. Too many such stops and starts and your brain will be fried.

    The Morse Code Method is based on the following idea: you should never stop reading until you’re done with the entire article.

    One continuous pass is the fastest, most energy-efficient possible way to get through a reading. It’s also the least painful.

    The Dot-Dash Notation

    This begs an obvious question: if you don’t stop your reading momentum, how do you make note of the important points? The answer is to deploy the following notation:

    1. If you come across a sentence that seems to be laying out a big, interesting idea: draw a quick dot next to it in the margin.
    2. If you come across an example or explanation that supports the previous big idea: draw a quick dash next to it in the margin.

    From experimentation, I’ve learned that these dots and dashes are small enough that you can record them without breaking your reading momentum. In the end, your article will be a sequence of dots and dashes (like a Morse Code message!), effectively breaking down the reading into a useful sequence: big idea!, support, support, big idea!, support, support, support…

    Once you’ve finished reading the inteira article, it’s time to take notes. Review the sentences that you dotted and dashed. For the dots that still strike you as important, paraphrase the main idea in your notes, in your own words. (The paraphrase is key: it forces you to processes the idea in your brain, not just reproduce it like a photocopier). For each of the following dashes that still strikes you as important, paraphrase the example or explanation in a bullet point.

    Go quick. Don’t worry about typos. Ignore fancy formatting. Just get the ideas down. As fast as possible.

    Now for the final step. This will only take you an extra couple minutes, but it’s the crucial boost that will transform you from “reasonably familiar with the readings” to “class star”:

    • Reviewing what you just recorded in your notes, think for a moment about the following: What is the main question being asked in the article and what’s the conclusion the authors point toward? Record the question and conclusion in your notes.

    Now you’re done. Don’t skip this last step! It is here that you pull out the big picture ideas that will form the core of class discussions, papers, and exam essay questions.

    How This Compares to Classic Q/E/C Note-Taking

    Fans of Straight-A might wonder how the Morse Code Method compares to the classical Question/Evidence/Conclusion approach. The answer: it’s a variation. By having you read the article before identifying a question and conclusion, the Morse Code Method better handles complicated articles with subtle arguments. Also, by having you actually read — not just skim — every sentence, you’re better prepared for more detailed discussions. When deciding what tactic to deploy, choose based on the needs of the class.


    The dot-slash, ./ , is a relative path to something in the current directory.

    The dot is the current directory and the slash is a path delimiter.

    When you give the command touch ./a you say "run the touch utility with the argument ./a ", and touch will create (or update the timestamp for) the file a in the current directory.

    There is no difference between touch a and touch ./a as both commands will act on the thing called a in the current directory.

    In a similar way, touch ../a will act on the a in the directory above the current directory as .. refers to "one directory further up in the hierarchy".

    . and .. are two special directory names that are present in every directory on Unix systems.

    It's useful to be able to put ./ in front of a filename sometimes, as when you're trying to create or delete, or just work with, a file with a dash as the first character in its filename.


    Punctuation

    Punctuation can either clarify the written message or confuse its meaning. It pays to know how to use these small but powerful marks. Resist the temptation to punctuate according to guesswork. While careful use of punctuation enhances the meaning of what you write, idiosyncratic punctuation has the opposite effect.

    Sotaque

    Ampersand

    Commonly known as the and sign, the ampersand shouldn't be used as a replacement for e in reference to UO offices or policies. The ampersand may be used in the name of a nonuniversity business, such as an architecture, accounting, advertising, or law firm, if that is the standard procedure for that business.

    arts and sciences
    School of Journalism and Communication
    Department of Computer and Information Science
    mas
    AT&T
    the law offices of Morgan, Lewis & Bockius
    Wieden & Kennedy

    Apostrophe

    Of all punctuation marks, the apostrophe is the most abused. The most common misuses are inserting an apostrophe before the final s in a plural noun—where it doesn't belong—and omitting it from a possessive noun, where it does.

    Prizes are awarded. (não Prize's are awarded.)
    Have you seen the book's cover? (não Have you seen the books cover?)

    Plural Nouns

    Don't use apostrophes in plural nouns. This includes dates such as 1870s e Década de 1990. The only time you need to use an apostrophe in forming a plural is to avoid ambiguity. For instance, if you're writing about letter grades, you may need the apostrophe to distinguish A's from the word Como.

    ifs, ands, or buts
    dos and don'ts
    mas
    Make sure you dot your I's and cross your T's.

    Possessive Nouns

    Things as well as people can be possessive.

    a master's degree
    a month's pay
    hoje New York Times

    Plural Possessive Nouns

    In most cases, the possessive of plural nouns is formed by adding an apostrophe only (except for a few irregular plurals that do not end in s).

    the puppies' paws
    the Williamses' new house
    mas
    children's literature

    Possessive Pronouns

    His, its, hers, theirs, yours, ours, e de quem are possessive pronouns they don't contain apostrophes. Isso é is not a possessive pronoun it's a contraction of isto é.

    The book's end is better than its beginning.
    mas
    It's kind of you to ask.

    Names Ending in S

    The possessive is formed with an additional s.

    Dylan Thomas's poetry
    the Ganges's source

    Colon

    The colon is often used to introduce a list or series. However, it's redundant to use a colon directly after such verbs as estão e incluir.

    Three types of examinations are offered: oral, take‑home, and in-class.
    mas
    The course offerings include Spanish, marine biology, and medieval history.

    Comma

    Use commas to separate all the items in a series of three or more ending in e ou ou.

    The university awards bachelor's, master's, and doctoral degrees.
    The Department of German and Scandinavian offers courses in Danish, Finnish, Norwegian, and Swedish as well as in German.

    The following example may appear to be an exception, but it isn't because there are only two items in the series: (1) planning, (2) public policy and (public) management.

    Department of Planning, Public Policy and Management

    Dashes—Em and En

    Dashes aren't hyphens. The em dash (—) is longer than a hyphen and indicates a break in the syntax of a sentence.

    Of the three grading options—graded only, pass/no pass only, either graded or pass/no pass—the last option is the default.

    The en dash (–) is half as long as an em dash. Use an en dash to indicate continuing or inclusive numbers in dates, times, or reference numbers.

    2002–3
    50 BC–AD 45
    10:00 a.m.–5:00 p.m.
    pp. 12–28

    The en dash sometimes replaces a hyphen for clarification.

    post–Civil War
    a hospital–nursing home connection

    Use an em dash when attributing a quote.

    "You can never be overdressed or overeducated." —Oscar Wilde

    Diacritical Marks

    Words in other languages, and even a few adopted into English, sometimes have special marks above or beneath certain letters that provide help in pronunciation or meaning. Following are six of the most common diacritical marks used in Romance and Germanic languages when they are written in the same Latin alphabet we use in English. All except the cedilla can be used with letters besides the ones in the examples. When in doubt, use English.

    Nome marca Exemplo Significado
    acute accent é Renée a name (French)
    grave accent è après 'after'
    dieresis or umlaut ü München 'Munich' (German)
    circumflex ê fête 'festival' (French)
    til ñ año 'year' (Spanish)
    cedilla ç reçu 'received' (French)

    Ditto Marks

    Ellipses

    Use ellipses (using three spaced periods, not a single-glyph three-dot ellipsis character) sparingly and only as specified below—not as a substitution for "etc." or as a design cliché. In the following examples, ellipses replace words in the original sentences without distorting their meaning.

    original sentence:
    The newspaper reporter, known worldwide for her frontline reporting, has received many awards for her war correspondence.

    with ellipsis:
    The newspaper reporter . . . has received many awards for her war correspondence.

    original sentences:
    The photojournalist barely escaped a falling timber as he stood under a tree, trying to show the forest fire from a fighter's perspective. His injuries left him shaken, though he was elated to capture the dangers of firefighting on film.

    with ellipsis:
    The photojournalist barely escaped a falling timber . . . though he was elated to capture the dangers of firefighting on film.

    In quoted speech or conversation, faltering speech may be indicated by an ellipsis.

    Exclamation Point

    Overuse of the exclamation point imparts an adolescent quality to most writing. Use it sparingly to express surprise, disbelief, or other strong emotion. To quote F. Scott Fitzgerald, "An exclamation mark is like laughing at your own joke." For additional guidance, consult this handy chart from Hubspot.

    Hyphen

    Compound adjectives should be hyphenated to eliminate ambiguity of meaning. Otherwise, leave open.

    first class mail
    $2 million grant
    mas
    study-abroad programs
    fast-sailing ship
    work-study student

    Adverbs ending in -ly followed by an adjective aren't hyphenated.

    Use a hyphen to distinguish confusing pairs of words.

    recreation (but re-creation)
    refund (but re-fund)

    Use a hyphen after cheio ou Nós vamos when it's used in a compound modifier immediately before a noun, unless the word itself is modified.

    a full-page advertisement
    a well-known professor
    mas
    a very well known professor

    Don't use a hyphen when the modifier is in other positions in the sentence.

    She works full time.
    Although well known, the landmark is rarely visited.

    The prefixes anti, co, post, pre, non, multi, e generally don't require a hyphen unless followed by a proper noun. See also Dashes—Em and En.

    antinuclear
    codirector
    postdoctoral
    premajor
    nonmajor
    multidisciplinary
    reconsiderar
    mas
    post-Renaissance
    non-English

    Use a hyphen when using pro- to coin a word indicating support (e.g., pro-feminist).

    Depois de requires a hyphen when used to form a compound adjective but not when it's part of a compound noun.

    after-dinner speech
    mas
    afterglow and afternoon

    Hyphenate an age when used as an adjective, even if the noun the adjective modifies is only implied rather than stated.

    the five-year-old program
    The five-year-old [child] attended kindergarten.

    Hyphenate adjectives used to define measures.

    the seven-foot-one center of the Los Angeles Lakers

    Hyphenate the noun cooperativa when abbreviating cooperativo, but don't hyphenate cooperate, coordinate, ou coeducational.

    Don't use a hyphen in a compound noun with vice:

    vice chancellor
    vice-presidente
    vice provost

    Hyphenate the construction student-athlete.

    For further examples, refer to The Chicago Manual of Style's hyphenation guide.

    Italics

    Italics are used for titles of books, genera and species, long plays, periodicals, movies, newspapers, operas and other long musical compositions, ships, and works of art. Titles of television and radio series are italicized, but titles of individual episodes are placed in quotation marks.

    Woolf's Para o farol
    Bizet's Carmen
    O'Keeffe's Cow's Skull, Red, White, and Blue
    Shaw's Major Barbara
    Wertmuller's Seven Beauties
    National Public Radio's All Things Considered
    mas
    "Eye of the Beholder," Rod Serling's classic episode of The Twilight Zone, is regarded by many fans as a high point for the series.

    Some musical compositions are known by their generic titles—symphony, quartet, nocturne—and often a number or key or both. Such names are capitalized but not italicized. For example, Beethoven's Piano Sonata No. 14 in C-sharp minor, Op. 25, would not be italicized however, its nongeneric subtitle, Moonlight Sonata, would.

    The titles of university courses follow the standard rules for capitalization of the titles of works they are neither italicized nor placed in quotation marks.

    Introduction to Biological Anthropology (ANTH 270) has no prerequisite.

    Italics are also used for unfamiliar foreign words. Words that were originally borrowed from another language but have been permanently added to the English lexicon (i.e., if they're in an English dictionary) should not be italicized.

    samizdat ‘underground'
    asperge ‘asparagus'
    mas
    glasnost
    hors d'oeuvres (no ligature between o e e)

    Use specific, concrete language rather than italics, capitals, or quotation marks for emphasis.

    This committee consists of two, not three, people.
    não
    This committee is composed of dois (2) people.

    Parênteses

    Use parentheses for enumeration within the text as follows:

    (1) carbohydrates, (2) fat, (3) protein, (4) vitamins

    For enumeration with periods, see also Numbers.

    Parentheses sometimes enclose brief explanatory abbreviations.

    McKenzie Hall (formerly the Law Center) houses offices for the College of Arts and Sciences.
    The writing requirement for a bachelor's degree is College Composition I (WR 121) and either College Composition II or III (WR 122 or 123).

    Punctuation in Lists

    When the items in a list are sentence fragments, no ending punctuation is necessary. When the items form complete sentences, a punctuation mark, usually a period or semicolon, may be used at their terminus.

    data do recibo
    ou
    Placement is dependent on the date the application is received.

    The style chosen for the list should be consistent. Do not mix and match sentence fragments and complete sentences within a list.

    Quotation Marks

    Use double quotation marks before and after direct quotations as well as titles of interviews, personal correspondence, short poems and plays, short musical compositions, speeches, individual television or radio programs, and other unpublished writing.

    The poem is titled "If."
    "Freedom of the Free Press" was the title of her lecture.

    Use single quotation marks for quotations within quotations.

    I said, "You must know who shouted, ‘Eureka! I've found it!'"

    Put a period or comma inside the ending quotation mark.

    Professor Ogard's newly published article is "China in Transition."
    Caldwell's lecture, "Death and Life in American Law," is at 7:30 p.m. in 129 McKenzie Hall.

    Put an exclamation point, question mark, or semicolon inside the ending quotation mark only if it's part of the quotation.

    "Who's on First?" is one of Abbott and Costello's classic comedy routines.

    Put an exclamation point, question mark, or semicolon outside the ending quotation mark if it isn't part of the quotation.

    Are you going to read "China in Transition"?

    Don't use quotation marks after the word so-called. It's redundant.

    The so-called transient (not "transient") was a college student.

    Use quotation marks around unusual, technical, ironic, or slang words or phrases not accompanied by a word calling attention to them. Use this device sparingly, and on first use only.

    The "transient" was a college student.
    Thousands of dollars were raised in support of the Interior Architecture Program's "daylighting" research.

    Solidus (Slash)

    The solidus (also known as the golpear ou virgule) is overused and frequently ambiguous. Too often, the relationship between the items joined by a solidus is unclear. Does it mean and, either . ou, or does it simply link two closely related words?

    As defined by The American Heritage Dictionary of the English Language, the solidus is used to separate alternatives, such as e / ou. It is appropriate, then, to use the solidus in pass/no pass or in P/N. In most other cases, try to use words instead of the solidus.

    faculty or staff member (not faculty/staff)

    Use a hyphen instead of a solidus to link two words.

    middle-secondary education (not middle/secondary)

    If space limitations make it necessary to use a solidus, explain clearly what it means.

    Courses numbered 4XX/5XX are for seniors and graduate students, respectively. Although undergraduates and graduates share the same classroom, graduate students are required to do more work, are evaluated according to a tougher grading standard, or both.

    Use the solidus with a space on either side to separate two lines of poetry quoted in the text.

    In "Song of the Open Road," Ogden Nash wrote, "I think that I shall never see / A billboard lovely as a tree."


    Molecular Analysis of the Growth Hormone Secretagogue Receptor

    Andrew D. Howard , . Scott D. Feighner , in Growth Hormone Secretagogues , 1999

    Database Mining

    Genbank databases were monitored daily using the Tblastn program ( 27 ) with amino acid sequence from the human GHS-R TM domains 6-7 (residues 265-366). Two significant “hits” were detected. A mouse EST derived from a T-cell library was identified with a significant homology score (63% DNA, 36% amino acid sequence identity) to the 3’ end of the gene for the human GHS-R. Full length cDNA were then obtained for both the mouse and human forms ( 28 ). The human and murine FM-3 exhibit strong protein sequence identity (73%). In addition, a cosmid clone (K10B4) from the worm C. elegans contains an open reading frame encoding a full-length GPC-R with strongest protein sequence identity to the human GHS-R (

    29%). The open reading frame is contained on five exons.


    Introduction to Phylogeny:How to Interpret Cladograms

    W elcome to the online Cladogram Exercise 1 Web site. This online assignment will help you get more comfortable with cladograms. They are not as confusing as you probably thought they were. After completing the following steps, you will be on your way. Your feedback is valuable and encouraged.

    C ladogram Terminology: Start with some basic definitions of terms such as e filial.

    S ister Taxa: Learn what a sister taxon is and why recognizing them will help you with all of the following steps.

    C ladogram Styles: Examples of the same cladogram drawn in different styles and orientation.

    R otate at a Node: Are the two cladograms identical, merely rotated at nodes, or are they different topologies?

    P olytomies: Are they "hard" or "soft" and how do they relate to strict consensus estimates?

    ASSIGNMENT PRINTING INSTRUCTIONS (OPTIONAL)

    1. If you want to conserve paper you can first reduce the scale after selecting Page Setup de Arquivo cardápio.
    2. Selecione Print de Arquivo cardápio.
    3. Saving the assignment to disk will not help because the resulting ASCII (text only) file will lack the tree graphics.
    4. Printing this assignment will not automatically print other Web pages of on-line interactive help for provided sample questions. If you have limited time, first complete the sample questions and you can separately print the (correct) answer pages if you want.
    5. E-mail to Prof. Eernisse at deernisse at fullerton dot edu if you find problems with these instructions or the links (remember to include your name and email address).

    BASIC CLADOGRAM TERMINOLOGY:
    Use the following labeled Cladogram Example to illustrate the following cladogram terminology, and then use both to answer the questions below.

    UMA corresponds to a hypothetical ancestor. UMA terminal node is the hypothetical last common ancestral interbreeding population of the taxon labeled at a tip of the cladogram. Um internal node is the hypothetical last common ancestral population that speciated (i.e., split) to give rise to two or more daughter taxa, which are thus sister taxon to each other.

    Each internal node is also at the base of a clado, which includes the common ancestral population (node) plus all its descendents. For example, the clade that includes both Taxon 2 e Taxon 3 is hypothesized, in this cladogram, to include their shared ancestor (actually, an interbreeding population of organisms) at internal node C and everything it gave rise to (in this case, Taxon 2 e Taxon 3) Likewise, the clade that includes all four terminal nodes and their most recently shared common ancestor originates at node A and includes all its descendents (i.e., everything to the right of node A).

    Node A is termed the raiz of the cladogram because it is at the base of the cladogram. As in this case, the root is normally drawn with a dangling branch extending earlier (to the left in this case) of the root to indicate that this clade also is part of other more inclusive clades of living organisms, originating from even earlier ancestral populations. Eventually, this dangling connection would lead clear back to the ancestor of all of life. You can think about this cladogram as the hypothesis of what branching events happened since the moment in time when the ancestral population at node A first speciated, that is, split from one into two (in this case) species. Later in time, there were further splits, resulting in new clades that are hierarchically nested within the original clade. In particular, the clade arising from the ancestral population at node B originated later than the one arising from the original ancestral population at node A. The clade arising from the ancestral population at node B é hierarchically nested within the clade arising from node A. To use an example, mammals are nested hierarchically within the clade of all vertebrate animals. The common ancestor of all vertebrates lived before the common ancestor for all mammals. There are vertebrates that are not mammals, but all mammals are vertebrates. Mammals are a particular subgroup or part of the whole vertebrate clade.

    There are four terminal nodes in this example. These include members of the ingroup: Taxon 1, Taxon 2, e Taxon 3, e um único outgroup taxon. The clade arising from node B includes all three ingroup taxa. The purpose of a cladogram is to express a particular hypothesis for the relative branching order of the ingroup taxa. This cladogram example suggests that Taxon 2 e Taxon 3 more recently shared a common ancestor than either does with Taxon 1. While this hypothesis implies that the ancestral population at node B lived before the ancestral population at node C, it does not stipulate how much earlier it lived. In other words, the cladogram is only a hypothesis of the relative order of branching it does not indicate how much absolute time past between branching events.

    You should be able to find a clade originating from each internal node in this particular cladogram example. A helpful way to think about which groupings of terminal nodes are clades, in a particular cladogram, is the snip rule. Whenever you "snip" a branch directly beneath an internal node, a clade falls off. The three such clades here are:
    Taxon 2 + Taxon 3
    Taxon 1 + (Taxon 2 + Taxon 3)
    and Outgroup + (Taxon 1 + (Taxon 2 + Taxon 3)).
    In contrast, a grouping of Taxon 1 e Taxon 2 sem Taxon 3 é não a clade, according to this cladogram hypothesis, because there is no way to snip off the first two without Taxon 3 also falling off.

    The use of parentheses above helped to more concisely indicate sister taxon associations within a clade. This reflects an accepted standard to specify a cladogram hypothesis with nested parentheses. Using this convention, the example cladogram can be unambiguously stated as:
    (outgroup (Taxon 1 (Taxon 2, Taxon 3)))
    Can you draw the following alternative cladogram hypotheses?:
    (outgroup (Taxon 3 (Taxon 1, Taxon 2)))
    (outgroup (Taxon 2 (Taxon 1, Taxon 3)))

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    Assista o vídeo: Multiple Sequence Alignment with ClustalW (Dezembro 2022).