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5,20: Taxonomia - Biologia

5,20: Taxonomia - Biologia


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Resultados de Aprendizagem

  • Liste os diferentes níveis do sistema de classificação taxonômica

Taxonomia (que significa literalmente “lei de arranjo”) é a ciência de classificar organismos para construir sistemas de classificação compartilhados internacionalmente, com cada organismo colocado em agrupamentos cada vez mais inclusivos. Essa organização de categorias maiores para menores, mais específicas, é chamada de sistema hierárquico.

O sistema de classificação taxonômica (também chamado de sistema Linnaean em homenagem a seu inventor, Carl Linnaeus, um botânico, zoólogo e médico sueco) usa um modelo hierárquico. Partindo do ponto de origem, os grupos tornam-se mais específicos, até que um ramo termina como uma única espécie. Por exemplo, após o início comum de toda a vida, os cientistas dividem os organismos em três grandes categorias chamadas de domínio: Bactérias, Archaea e Eukarya. Dentro de cada domínio há uma segunda categoria chamada de reino. Depois dos reinos, as categorias subsequentes de especificidade crescente são: filo, classe, pedido, família, gênero, e espécies (Figura 1).

O reino Animalia deriva do domínio Eukarya. Para o cão comum, os níveis de classificação seriam os mostrados na Figura 1. Portanto, o nome completo de um organismo tecnicamente tem oito termos. Para o cão, é: Eukarya, Animalia, Chordata, Mammalia, Carnivora, Canidae, Canis, e lúpus. Observe que cada nome está em maiúscula, exceto para espécies, e os nomes de gênero e espécie estão em itálico. Os cientistas geralmente se referem a um organismo apenas por seu gênero e espécie, que é seu nome científico de duas palavras, no que é chamado nomenclatura binomial. Portanto, o nome científico do cão é canis lupus. O nome em cada nível também é chamado de táxon. Em outras palavras, os cães estão em ordem Carnivora. Carnivora é o nome do táxon no nível do pedido; Canidae é o táxon no nível da família e assim por diante. Os organismos também têm um nome comum que as pessoas normalmente usam, neste caso, cachorro. Observe que o cão é adicionalmente uma subespécie: o “familiaris" no Canis lupus familiaris. As subespécies são membros da mesma espécie que são capazes de acasalar e reproduzir descendentes viáveis, mas são consideradas subespécies separadas devido ao isolamento geográfico ou comportamental ou outros fatores.

A Figura 2 mostra como os níveis se movem em direção à especificidade com outros organismos. Observe como o cão compartilha um domínio com a mais ampla diversidade de organismos, incluindo plantas e borboletas. Em cada subnível, os organismos se tornam mais semelhantes porque estão mais intimamente relacionados. Historicamente, os cientistas classificaram os organismos usando características, mas conforme a tecnologia do DNA se desenvolveu, filogenias mais precisas foram determinadas.

Pergunta Prática

Em que níveis os cães e gatos são considerados parte do mesmo grupo?

[linhas da área de prática = ”2 ″] [/ área de prática]
[revelar-resposta q = ”614472 ″] Mostrar resposta [/ revelar-resposta]
[resposta oculta a = ”614472 ″] Cães e gatos fazem parte do mesmo grupo em cinco níveis: ambos estão no domínio Eukarya, no reino Animalia, no filo Chordata, na classe Mammalia e na ordem Carnivora. [/ hidden -responder]

Visite este site para classificar três organismos - urso, orquídea e pepino-do-mar - de reino a espécie. Para iniciar o jogo, em Classificando a Vida, clique na imagem do urso ou no botão Iniciar Interativo.

Análises genéticas recentes e outros avanços descobriram que algumas classificações filogenéticas anteriores não se alinham com o passado evolutivo; portanto, mudanças e atualizações devem ser feitas à medida que novas descobertas ocorrem. Lembre-se de que as árvores filogenéticas são hipóteses e são modificadas à medida que os dados se tornam disponíveis. Além disso, a classificação historicamente tem se concentrado em agrupar organismos principalmente por características compartilhadas e não necessariamente ilustra como os vários grupos se relacionam entre si a partir de uma perspectiva evolucionária. Por exemplo, apesar do fato de um hipopótamo se parecer mais com um porco do que com uma baleia, o hipopótamo pode ser o parente vivo mais próximo da baleia.

Resumo do Vídeo

Este vídeo fornece outra introdução à taxonomia e como ela funciona:

Um elemento do YouTube foi excluído desta versão do texto. Você pode visualizá-lo online aqui: pb.libretexts.org/fob1/?p=104


Formato de chamada variante

o Formato de chamada variante (VCF) especifica o formato de um arquivo de texto usado em bioinformática para armazenar variações de sequência de genes. O formato foi desenvolvido com o advento de projetos de genotipagem e sequenciamento de DNA em larga escala, como o Projeto 1000 Genomes. Os formatos existentes para dados genéticos, como formato de característica geral (GFF), armazenam todos os dados genéticos, muitos dos quais são redundantes porque serão compartilhados entre os genomas. Ao usar o formato de chamada de variante, apenas as variações precisam ser armazenadas junto com um genoma de referência.

O padrão está atualmente na versão 4.3, [1] [2] embora o Projeto 1000 Genomes tenha desenvolvido sua própria especificação para variações estruturais, como duplicações, que não são facilmente acomodadas no esquema existente. [3] Há também um VCF genômico (gVCF) formato estendido, que inclui informações adicionais sobre "blocos" que correspondem à referência e suas qualidades. [4] Um conjunto de ferramentas também está disponível para editar e manipular os arquivos. [5] [6]


Existe uma lista para download de todas as espécies junto com sua classificação tradicional?

Estou procurando uma lista para download de todas as espécies conhecidas (ou melhor dizendo, documentadas on-line) neste formato simples, por exemplo, o Sapo Europeu:

Reino: Animalia
Divisão: Chordata
Classe: Anfíbios
Ordem: Anura
Família: Ranidae
Gênero: Rana
Espécie: Rana temporaria

Eu gostaria de ter esta lista offline em um texto estruturado ou formato de banco de dados que eu possa analisar. Se essa lista tiver outros atributos úteis (créditos, distribuição, nomes comuns), é bem-vinda, mas o acima é o mínimo absoluto de que preciso. Eu sei que há mais níveis de taxonomia no sistema acima (Species 2000 e ITIS Catalog of Life: abril de 2013), mas eu só preciso desses 6 básicos.

Tenho examinado várias coleções e estou tendo dificuldade para obter os dados de que preciso. O banco de dados está incompleto, não acessível como banco de dados, tem estruturas de dados complicadas ou APIs da web lentas e mal descritas nas quais não posso confiar.

Conceitualmente, parece-me que http://www.catalogueoflife.org chega mais perto de minhas necessidades, mas seu download é uma ferramenta, não um banco de dados. Vejo que o download tem uma pasta MySQL contendo muitos arquivos, mas não sei como reconstruí-la em um banco de dados. Parece também que puxaram a página para descrever o download do banco de dados.

Por mais simples que pareça minha pergunta (não sou biólogo, então presumi que fosse simples), perdi várias horas chegando ao vazio. Gostaria de saber se alguém fez o trabalho para fornecer informações básicas sobre as espécies em um formato compreensível, conforme solicitado?

Quanto à integridade das espécies, o 1.3m do Catálogo da Vida parece muito bom, já que atualmente estou baseando meu sistema na Wikipedia, que tem apenas 180 mil espécies.


Halófilos

De acordo com o National Center for Biotechnological Information (NCBI), existem atualmente 48 gêneros nomeados que pertencem à família Halobacteriaceae (incluindo Halobacterium). Neste nível, os gêneros e espécies são determinados por meio da abordagem polifásica descrita anteriormente.

Classificar cepas de Halobacterium em espécies tem sido uma tarefa complicada. Por exemplo, a origem do Halobacterium sp. O NRC-1 não é claro, embora várias literaturas o tenham categorizado como uma cepa de H. halobium, H. cutirubrum, H. salinarium ou H. salinarum (os dois últimos sendo a mesma espécie, mas renomeados devido a problemas de linguagem). No entanto, em 2000, ela se tornou a primeira cepa de Halobacterium a ter todo o seu genoma sequenciado e os autores da publicação relevante reformulados a partir da determinação de sua taxonomia final e, em vez disso, reverteram para o rótulo de Halobacterium sp. NRC-1. Então, em 2004, um artigo reclassificou o isolado de tipo selvagem como uma cepa de H. salinarum, embora várias evidências contestassem essa conclusão. Por exemplo, uma diferença fenotípica inconfundível entre Halobacterium sp. NRC-1 e a cepa R-1 “H. salinarum” é a falta de vesículas de gás em H. salinarum str. R-1, uma característica que é considerada conferir fototaxia, termotaxia e quimiotaxia e é de importância significativa para Halobacterium sp. Sobrevivência do NRC-1 [10], [11]. O excesso de confiança considerável em árvores filogenéticas produzidas a partir de comparações de rRNA 16S tem contribuído para a deturpação das espécies porque essas sequências mudam na maioria dos participantes do Halobacterium [11].

Este gráfico mostra os efeitos do aumento da concentração de sal (cloreto de sódio) na taxa de crescimento de vários microrganismos de diferentes tolerâncias a sal.

Gráfico de 'Brock Biology of Microorganisms' [6].

A árvore filogenética (à esquerda) é o produto das comparações de sequências de rRNA 16S. Os ramos em negrito dentro de cada domínio indicam ramos que contêm microorganismos halofílicos. Os nomes dados representam o gênero de tipo desse ramo.

Diagrama de 'Microorganismos Halofílicos e Seus Ambientes' [8].

A foto (à direita) é de Artemia salina, uma espécie de artêmia, um grupo primitivo de antrópodes que pode ser encontrado no Grande Lago Salgado entre outros habitats hipersalinos. Eles são eucariotos multicelulares capazes de viver em águas quase saturadas (concentração de 50% de sal), bem como em níveis salinosos da água do mar (2,9 - 3,5% de sais dissolvidos) [9].

Por outro lado, uma certa variedade desses camarões de água salgada são os organismos que você pode ver nos kits de 'Macacos-do-mar'!


5.3 Como medimos a similaridade?

De uma pena: a forma como as distâncias são medidas e as semelhanças entre as observações definidas têm um forte impacto no resultado do agrupamento. Nosso primeiro passo é decidir o que queremos dizer com semelhante. Existem várias maneiras de comparar pássaros: por exemplo, uma distância usando tamanho e peso fornecerá um agrupamento diferente de um usando dieta ou habitat. Depois de escolher os recursos relevantes, temos que decidir como combinamos as diferenças entre os vários recursos em um único número. Aqui está uma seleção de opções, algumas delas são ilustradas na Figura 5.5.

Figura 5.5: Plotagens de contorno de distância igual de acordo com quatro distâncias diferentes: os pontos em qualquer curva estão todos à mesma distância do ponto central.

Euclidiana A distância euclidiana entre dois pontos (A = (a_1. A_p) ) e (B = (b_1. B_p) ) em um espaço (p ) -dimensional (para os elementos (p )) é a raiz quadrada da soma dos quadrados das diferenças em todas as direções das coordenadas (p ):

Manhattan A distância de Manhattan, City Block, Taxicab ou (L_1 ) leva a soma das diferenças absolutas em todas as coordenadas.

Máximo O máximo das diferenças absolutas entre as coordenadas também é chamado de distância (L_ infty ):

Distância euclidiana ponderada é uma generalização da distância euclidiana ordinária, dando diferentes direções no espaço de recursos diferentes pesos. Já encontramos um exemplo de distância euclidiana ponderada no Capítulo 2, a distância ( chi ^ 2 ). É usado para comparar linhas em tabelas de contingência, e o peso de cada recurso é o inverso do valor esperado. o Mahalanobis distance é outra distância euclidiana ponderada que leva em consideração o fato de que características diferentes podem ter uma faixa dinâmica diferente, e que algumas características podem ser positiva ou negativamente correlacionadas entre si. Os pesos, neste caso, são derivados da matriz de covariância dos recursos. Veja também a Questão 5.1.

Minkowski Permitir que o expoente seja (m ) em vez de (2 ), como na distância euclidiana, dá a distância de Minkowski

Editar, Hamming Essa distância é a maneira mais simples de comparar sequências de caracteres. Ele simplesmente conta o número de diferenças entre duas cadeias de caracteres. Isso poderia ser aplicado a sequências de nucleotídeos ou aminoácidos - embora, nesse caso, as diferentes substituições de caracteres estejam geralmente associadas a diferentes contribuições para a distância (para explicar a semelhança física ou evolutiva), e deleções e inserções também podem ser permitidas.

Binário Quando os dois vetores têm bits binários como coordenadas, podemos pensar nos elementos diferentes de zero como "ligados" e os elementos zero como "desligados". A distância binária é a proporção de recursos com apenas um bit ativado entre os recursos que têm pelo menos um bit ativado.

Distância de Jaccard A ocorrência de traços ou características em dados ecológicos ou de mutação pode ser traduzida em presença e ausência e codificada como 1's e 0's. Em tais situações, a co-ocorrência costuma ser mais informativa do que a co-ausência. Por exemplo, ao comparar os padrões de mutação no HIV, a coexistência em duas cepas diferentes de uma mutação tende a ser uma observação mais importante do que sua co-ausência. Por esse motivo, os biólogos usam o Índice de Jaccard. Vamos chamar nossos dois vetores de observação (S ) e (T ), (f_ <11> ) o número de vezes que uma característica coocorre em (S ) e (T ), ( f_ <10> ) (e (f_ <01> )) o número de vezes que um elemento ocorre em (S ), mas não em (T ) (e vice-versa), e (f_ <00 > ) o número de vezes que um recurso está coexistente. O índice Jaccard é

(ou seja, ele ignora (f_ <00> )), e o Dissimilaridade de Jaccard é

Distância baseada em correlação

Figura 5.6: Um exemplo para o uso de distâncias de Mahalanobis para medir a distância de um novo ponto de dados (vermelho) de dois centros de cluster.

De qual dos dois centros do cluster na Figura 5.6 está o ponto vermelho mais próximo?

Uma resposta ingênua usaria a métrica euclidiana e decidiria que o ponto está mais próximo do cluster esquerdo. No entanto, como vemos que os recursos têm intervalos e correlações diferentes, e que até mesmo diferem entre os dois clusters, faz sentido usar distâncias de Mahalanobis específicas do cluster. A figura mostra linhas de contorno para ambos os clusters. Estes foram obtidos a partir de uma estimativa de densidade, a distância de Mahalanobis aproxima esses contornos com elipses. A distância entre o ponto vermelho e cada um dos centros do cluster corresponde ao número de curvas de nível cruzadas. Vemos que quanto mais o grupo da direita está mais espalhado, o ponto vermelho fica de fato mais perto dele.

Figura 5.7: O triângulo inferior de distâncias pode ser calculado por qualquer uma das centenas de funções diferentes em vários R pacotes (vegdist em vegano, margarida em cacho, distância_genética em gstudio, dist.dna em macaco, Dist em um mapa, distância em ecodista, dist.multiPhylo em distory, shortestPath em distância,% dudi.dist e dist.genet em ade4).

5.3.1 Cálculos relacionados às distâncias em R

A função dist em R é projetada para usar menos espaço do que as posições (n ^ 2 ) completas que uma matriz de distância (n vezes n ) completa entre (n ) objetos exigiria. A função calcula uma das seis opções de distância (euclidiana, máxima, manhattan, canberra, binária, minkowski) e produz um vetor de valores suficiente para reconstruir a matriz de distância completa. A função retorna um objeto especial da classe dist que codifica o vetor relevante de tamanho (n vezes (n-1) / 2 ). Aqui está a saída para uma matriz (3 ) por (3 ):

Para acessar uma determinada distância (por exemplo, a distância entre as observações 1 e 2), é necessário transformar o objeto da classe dist de volta em uma matriz.

Vejamos como calcularíamos a distância de Jaccard que definimos acima entre as cepas de HIV.

Compare a distância Jaccard (disponível como a função vegdist no pacote R vegano) entre mutações nos dados de HIV mut para a distância baseada na correlação.

Figura 5.8: Um exemplo de cálculo da distância cofenética (xkcd).

Também pode ser interessante comparar objetos complexos que não são vetores tradicionais ou números reais usando dissimilaridades ou distâncias. A distância de Gower para dados de modalidades mistas (fatores categóricos e variáveis ​​contínuas) pode ser calculada com a função margarida. Na verdade, as distâncias podem ser definidas entre quaisquer pares de objetos, não apenas pontos em (< mathbb R> ^ p ) ou sequências de caracteres. Por exemplo, a função shortest.paths do igraph O pacote que veremos no Capítulo 10 calcula a distância entre os vértices de um gráfico e a função copenética calcula a distância entre as folhas de uma árvore, conforme ilustrado na Figura 5.8. Podemos calcular a distância entre as árvores usando dist.multiPhylo no distory pacote.

O índice de Jaccard entre os gráficos pode ser calculado observando-se dois gráficos construídos nos mesmos nós e contando o número de arestas co-ocorrentes. Isso é implementado na similaridade de função no igraph pacote. Distâncias e diferenças também são usadas para comparar imagens, sons, mapas e documentos. A distância pode abranger o conhecimento do domínio de forma útil e, se escolhida com cuidado, pode levar à solução de muitos problemas difíceis envolvendo dados heterogêneos. Perguntando a si mesmo o que é relevante A noção de “proximidade” ou similaridade para seus dados pode fornecer maneiras úteis de representá-los, como exploraremos no Capítulo 9.


Uma filogenia mitogenômica de quitons (Mollusca: Polyplacophora)

Fundo: Polyplacophora, ou chitons, há muito tempo fascina malacologistas por sua morfologia e estilo de vida distintos e bastante conservados, em comparação com outras classes de moluscos. No entanto, os principais aspectos de sua filogenia e evolução permanecem obscuros devido às poucas análises morfológicas, moleculares ou filogenéticas combinadas, particularmente aquelas que abordam as relações entre as principais linhagens de quitônios.

Resultados: Aqui, apresentamos uma filogenia mitogenômica de quitons com base em 13 genomas mitocondriais recentemente sequenciados, juntamente com oito disponíveis e sequências mitocondriais derivadas de RNAseq de quatro espécies adicionais. As filogenias reconstruídas concordam amplamente com os últimos avanços na sistemática de quíton e taxonomia integrativa, mas identificamos alguns conflitos que exigem revisões taxonômicas. Apesar de uma ordem geral de genes conservada em mitogenomas de quiton, descrevemos três novos rearranjos que podem ter utilidade taxonômica e reconstruímos o cenário mais provável de mudança de ordem de genes neste grupo. Nossa filogenia foi calibrada com o tempo usando vários fósseis e relógios moleculares relaxados, e a robustez dessas análises foi avaliada com várias análises de sensibilidade. As idades inferidas concordam amplamente com as estimativas anteriores do relógio molecular e o registro fóssil, mas também observamos que as ambigüidades inerentes ao registro fóssil do quitão podem confundir as análises do relógio molecular.

Conclusões: À luz da estrutura calibrada com o tempo reconstruída, discutimos a evolução das principais características morfológicas e pedimos um esforço contínuo para esclarecer a filogenia e a evolução dos quitons.

Palavras-chave: Bayesian Evolution Fossil Máxima probabilidade Genoma mitocondrial Relógio molecular Molusco Mt. Timetree.


Forma de crescimento

Isoetes As espécies são tipicamente pequenas plantas com folhas longas e estreitas que crescem a partir da base da planta. Suas folhas têm geralmente entre 5 e 20 cm de comprimento, embora algumas espécies tenham folhas que atingem mais de 60 cm de comprimento e a maior espécie tenha folhas de até 1 m de comprimento. Uma planta tende a ter cerca de 10-30 folhas.

Uma folha de quillwort contém uma única veia e quatro câmaras de ar que percorrem o comprimento da folha. É a presença de uma única folha nervurada, conhecida como & # 8216microfila & # 8217, que distingue os quillworts e outras licófitas de todas as outras plantas vasculares. Espécies submersas de Isoetes têm folhas perenes, ao passo que as espécies de pântanos costumam ser caducas, perdendo suas folhas nas estações sem crescimento.

Isoetes as plantas também têm caules incomuns. Eles são curtos e inchados e crescem no subsolo. O caule único é conhecido como & # 8216corm & # 8217 e contém dois ou três lóbulos que dão ao cormo a aparência geral de uma pequena cebola. As camadas externas do rebento são perdidas à medida que a planta cresce.

As raízes de Isoetes as plantas crescem em cachos, todas diretamente da base do rebento. As raízes também possuem uma única veia e são circundadas por uma única câmara de ar.


Hydrolagus colliei

Ratfish manchado. Foto © George Burgess

Essa quimera lisa e sem escamas pode chegar a 60 centímetros de comprimento, boa parte da qual é a cauda longa. Tem esse nome devido à sua coloração marrom-acinzentada iridescente, salpicada de branco. Possui uma face curta em forma de coelho, grandes barbatanas peitorais triangulares e uma barbatana dorsal curta que começa com um espinho venenoso. As quimeras se separaram de seus primos, os tubarões, há quase 400 milhões de anos, e desde então são peixes de águas profundas, em sua maior parte. O ratfish-pintada é um dos poucos que migra perto o suficiente para ser capturado na pesca em alto mar, e deve ser manuseado com cuidado.

Ordem: Chimaeriformes Família: Chimaeridae Gênero: Hydrolagus Espécies: Colliei

Nomes comuns

Nomes comuns da língua inglesa são ratfish manchado, peixe anjo, quimera, peixe elefante, ratfish, rattfish manchado e ratfish manchado branco. Outros nomes comuns incluem Amerikanskiy gidrolag (russo), chimaera elefante (italiano), quimera amerykanska (polonês), chimère (francês), chimère d & # 8217Amérique (francês), chimère tachetée (francês), ginzame (japonês), guumaa (tsimshian) , havrotte (dinamarquês), k & # 8217aa un (Haida), quimera (espanhol), quimera americana (espanhol), quimera manchada (espanhol), quimera-americana (português), ratazana americana (português), ratón (espanhol), rattenfisch (Alemão), rattenvis (holandês), Seeratte (alemão), skvrnitá morská krysa (tcheco), skwome (Salish), vitfläckig havsmus (sueco) e zeerat (holandês).

Importância para os Humanos

O peixe-rato manchado tem manchas brancas que resultam em um brilho prateado iredescente. Foto © Doug Perrine

Embora o ratfish-pintada não seja uma espécie-alvo, ele é considerado como captura acidental pela pesca de arrasto comercial e por pescadores recreativos. Geralmente é evitado devido à tendência da espinha dorsal de se enredar nas redes de pesca.

Raramente é desembarcado em sua faixa de distribuição mais ao sul devido à sua ocorrência em profundidades maiores que (180 m). Devido à sua ampla distribuição e amplitude de profundidade, acredita-se que o impacto da pesca seja mínimo. No entanto, o peixe ratfish manchado tem o potencial de ser ameaçado por atividades de arrasto costeiro. Embora esta espécie seja considerada um peixe lixo & # 8220 & # 8221 e nunca tenha sido de interesse comercial, ela pode se tornar um alvo no futuro, à medida que outras espécies mais desejáveis ​​se esgotem.

Perigo para humanos

Embora não seja considerado perigoso para os humanos, deve-se ter cuidado ao manusear este peixe devido à espinha dorsal venenosa que pode causar feridas dolorosas. Deve-se ter cuidado ao manusear espécimes masculinos devido à presença de órgãos de fixação afiados.

Conservação

O peixe ratfish manchado está atualmente listado como & # 8220Least Concern & # 8221 pela World Conservation Union (IUCN). A IUCN é uma união global de estados, agências governamentais e organizações não governamentais em uma parceria que avalia o estado de conservação das espécies.

Atualmente, não há medidas de conservação sendo tomadas para o peixe-rato manchado, no entanto, no Oregon (EUA), os arrastões usam equipamentos para evitar a captura acidental e reduzir a pressão sobre as populações de peixe-rato.

Distribuição geográfica

Mapa de distribuição mundial do ratfish pintado

O peixe ratfish manchado é encontrado no Oceano Pacífico oriental de Cape Spencer, Alasca (EUA) ao sul de Vizcaíno, Baja California (México). É mais comum entre a Colúmbia Britânica e o sul da Califórnia. Uma população isolada de ratfish pintados foi documentada na porção norte do Golfo da Califórnia.

Habitat

Residindo em águas temperadas, o peixe-rato pintado vive próximo ao fundo da zona entre-marés até profundidades de 2.950 pés (900 m). Ele prefere lama e habitats de fundo rochoso e é freqüentemente encontrado em baías e sons na parte norte de sua distribuição. Conforme a faixa de distribuição se move para o sul, o peixe-rato manchado é encontrado em águas progressivamente mais profundas, preferindo temperaturas de água de 45-48 ° F (7-9 ° C).

Biologia

Ratfish manchado. Foto © George Burgess

Características distintas
Este peixe-rato, um membro da família Chimaeridae, tem uma grande cabeça semelhante a um coelho com um largo focinho em forma de bico de pato e grandes olhos verdes. O corpo afunila em direção à extremidade posterior do peixe - a cauda representa quase metade do comprimento total do peixe inteiro. Existem canais de linha lateral proeminentes na pele sem escamas deste peixe.

No bordo de ataque da primeira barbatana dorsal está um espinho venenoso proeminente que é ligeiramente mais alto do que a própria barbatana, enquanto a segunda barbatana dorsal tem um perfil ondulado que lhe dá a aparência de duas barbatanas separadas. As barbatanas peitorais bem desenvolvidas são de forma triangular e têm bases carnudas. Os machos ratfish pintados têm um processo espinhoso em forma de clube localizado na cabeça. Eles também têm órgãos de aperto retráteis afiados anteriores às nadadeiras pélvicas e grampos delgados com extremidades expandidas ao lado de cada base da nadadeira pélvica.

Visão de perto da cabeça semelhante a um coelho do ratfish manchado. Foto © George Burgess

Coloração
O corpo do ratfish manchado é marrom ou cinza com tons de dourado, verde e azul. Existem manchas brancas espalhadas pelo corpo, fazendo com que o peixe pareça iridescente com um brilho prateado. A superfície ventral deste peixe é prateada e as barbatanas são cinzentas.

Dentição
O ratfish manchado tem relativamente poucos dentes. Há um par de dentes na mandíbula inferior e dois pares de dentes na mandíbula superior, ocorrendo como placas de moagem mineralizadas.

Dentículos
A pele do peixe-rato manchado é lisa e sem escamas.

Tamanho, idade e crescimento
O tamanho máximo relatado do peixe-rato manchado é de 23,6 polegadas (60 cm) de comprimento total e 14,2 polegadas (36 cm) de comprimento do corpo. Os machos atingem a maturidade com comprimento do corpo de 7,3-7,9 polegadas (18,5-20,0 cm) e as fêmeas atingem a maturidade com comprimento do corpo de 9,4-9,8 polegadas (24-25 cm). Os jovens medem 5,5 polegadas (14 cm) de comprimento total ao nascer.

Hábitos alimentares
Os peixes-rato localizam as presas principalmente por meio da eletrorrecepção e do cheiro. Como nadadores fracos, esses peixes procuram presas com habilidades limitadas de fuga. O ratfish manchado nada lentamente perto do substrato inferior em busca de mariscos, caranguejos, camarões, vermes poliquetas e pequenos peixes bentônicos. Ratfish pintados também são canibais documentados, alimentando-se de suas próprias caixas de ovo, bem como de outros peixes-ratazes que nadam livremente.

Reprodução
O peixe-rato manchado é ovíparo, com pico de desova ocorrendo nos meses de primavera e outono. Seguindo os rituais de namoro, a fêmea lança uma caixa de ovo em forma de colher a cada 10-14 dias durante um período de vários meses. A extrusão da caixa do ovo da fêmea leva de 18 a 30 horas após as quais a caixa do ovo fica pendurada livremente na água, suspensa da fêmea por uma extensão longa e fina da caixa do ovo chamada de filamento capsular elástico. Cada caixa de ovo eventualmente fica presa ao fundo do mar ou sedimentos de fundo pelas finas gavinhas da caixa de ovo. O período de incubação dentro da caixa do ovo é de aproximadamente 12 meses. Os filhotes emergem da caixa do ovo com aproximadamente 5,5 polegadas (14 cm) de comprimento total e crescem cerca de 11,8 polegadas (30 cm) de comprimento total no primeiro ano de vida.

Os tubarões tope estão entre os predadores conhecidos do tubarão tope. Foto © Doug Perrine

Predadores
Predadores do peixe ratfish manchado incluem tubarões sixgill, tubarões sevengill, tubarões tope, cação espinhosa, robalo gigante, lingcod, rockfish, alabote do Pacífico e mamíferos marinhos.Parasitas
Trematódeos são parasitas comuns do peixe-rato manchado. Rugogaster hydrolagi n. sp. foi coletado nas glândulas retais de ratfish-pintados coletados perto da Ilha de San Juan, Washington. Otodistomum hydrolagi n. sp. foi coletado do celoma de ratfish manchado também da mesma área e Plectognathotrema hydrolagi n. sp. foi coletado do estômago de um espécime coletado no mar de Newport, Oregon.

Os monogenéticos Chimaericola ogilbyi n. sp. e C. colliei n. sp foram coletados nas guelras de ratfish-pintados capturados na costa da Ilha de Vancouver.

Taxonomia

O ratfish manchado foi originalmente descrito como Chimaera Colliei por Lay & amp Bennett em 1839. Este nome foi posteriormente alterado para o atualmente válido Hydrolagus colliei (Lay & amp Bennett 1839-). O nome do gênero, Hydrolagus, é derivado do grego & # 8220hydr & # 8221 que significa água e & # 8220lagos & # 8221 que significa lebre. Sinônimos que aparecem na literatura científica anterior referindo-se a esta espécie incluem Quimera neglecta Ogilby 1888, Chimaera media Garman 1911, e Hydrolagus media Garman 1911.


Quillworts

Os quillworts são uma classe de cerca de 150 espécies de plantas e quase todas as espécies pertencem ao gênero Isoetes. Os quillworts dependem fortemente da água e muitas espécies vivem totalmente submersas, enquanto outras vivem em habitats sazonalmente inundados.

Quillworts são pequenas ervas com folhas longas e estreitas que geralmente têm entre 5 e 20 cm de comprimento. Seus caules estão inchados e crescem no subsolo e suas raízes crescem em cachos a partir da base do caule.

Distribuídas por todo o mundo e tendo sobrevivido por mais de 200 milhões de anos, muitas espécies de quillworts estão atualmente ameaçadas de extinção devido à perda de habitat.


Os alunos admitidos na Simon Fraser University no início do semestre do outono de 2006 devem atender aos requisitos de redação, quantitativos e abrangentes como parte de qualquer programa de graduação que possam realizar. Consulte Requisitos de redação, quantitativos e de amplitude para obter informações sobre a universidade.

Requisitos de graduação WQB

Uma nota de C- ou melhor é necessária para ganhar crédito W, Q ou B

Amplitude Adicional 6 unidades fora da matéria principal do aluno (podem ou não ser cursos designados por B e provavelmente ajudarão a cumprir os requisitos do programa de graduação individual)


Biologia e comportamento de amplificação

Use este guia rápido para aprender os fundamentos da biologia e do comportamento dos lobos.

Comunicação

Reprodução

Normalmente, apenas o par dominante se reproduz, no entanto, em áreas onde há uma alta proporção de presas por lobo, como no Parque Nacional de Yellowstone, pode haver várias ninhadas por pacote. Na área oeste dos Grandes Lagos, os lobos se reproduzem de fevereiro a março e, após um período de gestação de 63 dias, de quatro a seis filhotes nascem no final de abril ou início de maio. No entanto, quanto maior for a latitude, mais tarde será a reprodução. Por exemplo, os lobos no norte do Canadá que vivem a uma latitude de 71 graus se reproduzem no final de março a abril.

Desenvolvimento de filhotes

Sobrevivência de Filhote

A sobrevivência dos filhotes está diretamente relacionada à disponibilidade de presas. A disponibilidade de presas é geralmente maior em áreas que estão sendo colonizadas recentemente por lobos, onde os lobos foram reintroduzidos recentemente ou onde os lobos adultos são colhidos.

Sobrevivência e longevidade de adultos

A sobrevivência geral de lobos de um ano e adultos na área oeste dos Grandes Lagos foi documentada para variar entre 60% e 80%. Sabe-se que os lobos cinzentos vivem até 13 anos na natureza e 16 anos em cativeiro. No entanto, as médias variam com base na localização geográfica.

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Pacote e tamanho do território

O número de indivíduos por embalagem pode ser altamente variável, mas é em média de quatro a oito durante o inverno na área oeste dos Grandes Lagos, com registros de até 16. O tamanho da embalagem pode chegar a 30 ou mais em partes do Canadá e Alasca. Uma matilha de lobos vagará e defenderá um território de 25 a 100 milhas na área oeste dos Grandes Lagos. Os territórios podem atingir centenas de quilômetros quadrados, onde as densidades de presas são de baixa densidade, como no noroeste do Canadá.

Dispersão e capacidade de colonizar novas áreas

A dispersão é a principal maneira pela qual os lobos colonizam novas áreas e mantêm a diversidade genética. Sabe-se que os lobos se dispersam por até 550 milhas, mas mais comumente se dispersam por 50 a 100 milhas de sua matilha natal. Generally wolves disperse when 1 – 2 years old as they reach sexual maturity although some adults disperse also. At any one time 5 – 20 percent of the wolf population may be dispersing individuals. Usually a wolf disperses to find an individual of the opposite sex, find a territory, and start a new pack. Some dispersers join packs that are already formed.

Habitat Requirements

Wolves can occur wherever there is a sufficient number of large ungulates such as deer, moose, elk, caribou, bison, and musk ox. Wolves were once considered a wilderness animal, however if human-caused mortality is kept below certain levels, wolves can live in most areas. Historically, they once occupied every habitat that had sufficient prey in North America from mid Mexico to the polar ice pack.

Food Requirements

Wolves can survive on 2.5 pounds of food per day, but require about five to seven pounds per day to reproduce successfully. Wolves are estimated to eat 10 pounds of food per day on average. Wolves don’t actually eat every day, however as they live a feast or famine lifestyle. They may go several days without a meal and them gorge on over 20 pounds of meat when a kill is made. Wolves primarily feed on prey animals larger than themselves as this provides food for many individuals. However, wolves will prey upon smaller mammals such as beaver and hare. Because wolves as a species inhabit a much wider area than its prey species, different populations of wolves prey upon different animals. Wolves located in the Western Great Lakes region typically prey upon whitetail deer whereas wolves in central Canada prey primarily on caribou.

Hunting and Feeding Behavior

Impacts on Prey

Wolf kill rates vary in relation to winter severity. Young, old, and sick prey animals are often nutritionally stressed and have difficulty traveling in deep snow. Wolf kill rates are highest during severe winters and the following spring. Sometimes wolf predation can keep prey populations at low levels for extended periods, but habitat alterations like forest cutting or fire, improved weather conditions, and human management practices allow prey populations to quickly recover.

One example of the predator-prey dynamic is that the reductions in ungulate herds caused by wolves increases habitat quality and helps rid the herd of genetically unfit and diseased individuals. This results in long term maintenance of a healthier ungulate herd. For example, deer and wolves have evolved together and wolf predation has played a crucial role in making the deer what it is today.

Population Cycles

Wolf density often changes with the density of their primary prey. For example, in the northern Great Lakes region, the severe winters of 1995-96 and 1996-97 resulted in substantial numbers of deer being stressed and many starved or were killed by wolves. This provided a readily available food supply to wolves and increased their survival.

However, wolf numbers usually decline a year or two following the decline of primary prey. In addition to other factors, the mild winters since 1997 have been favorable to deer populations by increasing the winter survival of deer and in turn increasing the number of fawns being born.

Potential for Population Change

With abundant food and low human-caused mortality, wolves have a high capacity for population growth. In fact, in the right conditions, wolf populations can double in two to three years. From 1997 to 2000 the wolf population in the Northern Rocky states doubled from 200 to 400. Wolf populations can decline, however, if human-caused mortality is consistently greater than 28-50% of the fall wolf population.


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